Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattacctccatgaaacttcttgtgatgaaacctccaagtttatgaatacttataacaatcttgtagtagtttttggtcatgaatactatattagatatactgttttgtgtttttgatgatctgatcgggacctaaacttgaattctgactctatcatttcctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGCTCAAGGAAGAGCCAAAGAAGCTGCCAAAAACATACCATTCAGCTGGATAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G02630.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125196313|gb|EL211267.1|EL211267
EST:     GGAATGTGGAGACTTTGACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAG                         GACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAG
genomic: GGAATGTGGAGACTTTGACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAGgtaaattacc ... cctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAG
EST: gi|164186493|gb|EL983731.1|EL983731
EST:     GACTTTGACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAG                         GACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGCT
genomic: GACTTTGACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAGgtaaattacc ... cctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGCT
EST: gi|124939232|gb|EL015790.1|EL015790
EST:     AAGGACACAGGGCCCAG                         GACTTTGTCTGCGGACTACCTTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGC
genomic: AAGGACACAGGGCCCAGgtaaattacc ... cctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACC-TGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGC
EST: gi|125184084|gb|EL199038.1|EL199038
EST:     GACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAG                         GACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAG
genomic: GACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAGgtaaattacc ... cctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAG
EST: gi|86079452|gb|DR375209.1|DR375209
EST:     GGAATGTGGAGACTTTGACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAG                         GACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGCT
genomic: GGAATGTGGAGACTTTGACAGACCTTTCTAGTGAAGGACACAGGGCCCAGgtaaattacc ... cctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgatctgatcgggacctaaacttgaattctgactctatcatttcctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGCTCAAGGAAGAGCCAAAGAAGCTGCCAAAAACATACCATTCAGCTGGATAT
                            ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                  ctctatcatttccttt  CT-rich tract
                                     tatcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaattacctccatgaaacttcttgtgatgaaacctccaagtttatgaatacttataacaatcttgtagtagtttttggtcatgaatactatattagatatactgttttgtgtttttgatgatctgatcgggacctaaacttgaattctgactctatcatttcctttgacagGACTTTGTCTGCGGACTACCTGCAAGAATCCGTAAAATTGAAGAGAGAGCTCAAGGAAGAGCCAAAGAAGCTGCCAAAAACATACCATTCAGCTGGATAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA