Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaaattcatatgccagcaatataattggtctatatcaattactcttgaagattttggtgtgaagttaaaactattgctatcacatgtactttcttgcagATCAATGCTTCGTCAACAGAAGATGGCCTTAACTTTTACGATTCAGGTCATCGCTTTGAACATTCCCAACTTTTGTTAGTCCTCCTGCGGTCTCTACCAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G45540.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G45540.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv15s0048g01650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---tcaaattcata-tgccagcaatataattggtctatatcaattactcttgaagattttggtgtgaagt-taaaactattgctatcacatgtactttcttgcagATCAATGCTTCGTCAACAGAAGATGGCCTTAACTTTTACGATTCAGGTCATCGCTTTGAACATTCCCAACTTTTGTTAGTCCTCCTGCGGTCTCTACCAT
   | | |   ||| ||||| |  | ||  |   |  |     ||    |||||  |     | |||| | |    | ||| || |  | | |   || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||| || || ||||| || || || |
agttgagaggaatactgccaac--tctagctaagccctgctgcttcacattgaatgtga-attctgaattgttttcccatttctttttcctct--cttattgcagATAAATGCTTCTTCAACAGATGATGGGCTGAATTTTTATGATTCTGGTCATCGCTTTGAGCATTTACAGCTTTTGTTGGTTCTTCTGCGTTCACTTCCTT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgaagattttggtgtgaagttaaaactattgctatcacatgtactttcttgcagATCAATGCTTCGTCAACAGAAGATGGCCTTAACTTTTACGATTCAGGTCATCGCTTTGAACATTCCCAACTTTTGTTAGTCCTCCTGCGGTCTCTACCAT
                                          tactttctt  CT-rich tract
                 aagttaaaactatt  TA-rich tract