Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgtcttccttttttatccttgaagctttctctcctctaaggaagactttgatggtaactaataatcttcaatttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G32060.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G32060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g05580.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
--gtaagttgtcttccttttttatccttgaagctttctctc-----ctctaaggaagactttgatg----gtaactaataatcttcaat-ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG
   |       |||||||| || |   |    ||||   |       | || | ||  | ||  ||    |    ||| |||    | | |   |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||  ||||  |||||
tcattgtccaccttcctttgttctgtgtatttcttttaatttacagttatatgaaaagccttcttgtcctggttttaacaatacatattgtcatttgcagCTTTGCAAGATTGACTCTGAGGGCAAGGCAAGGAAGGTTGTGGGCTGCTCCTGCGTCGTTGTCAAG

upper sequence: AT2G32060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g12650.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---gtaagttgtcttccttttttatccttgaagc-------tttctctcctctaaggaagactttgatggtaacta-ataatcttcaat-ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG
    ||| || |  |    |||| |  ||||            |||||||| |  | |   |||      |||| | || |     ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||  ||||  |||||
tatctaaattttaatttcattttgttgttgatatcgttctgcatctctcctttctgcatatcttctgatttaacaatatcacaacaaacgttgtttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTCGTAGGCTGCTCCTGCGTCGTTGTCAAG

upper sequence: AT2G32060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g12650.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---gtaagttgtcttccttttttatccttgaagcttt-------ctctcctctaaggaagactttgatggtaacta-ataatcttcaat-ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG----------------------------------
    ||| || |  |    |||| |  ||||     |       ||||||| |  | |   |||      |||| | || |     ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||  ||||  |||||                                  
tatctaaattttaatttcattttgttgttgatatcgttctgcatctctcctttctgcatatcttctgatttaacaatatcacaacaaacgttgtttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTCGTAGGCTGCTCCTGCGTCGTTGTCAAGGTAGATAATTGATTACCCACCATACTACTTCAAA

upper sequence: AT2G32060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G063340_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtaagttgtcttcctttttta--tccttgaagctttctctcctctaaggaa----gactttgatggtaac--taataatcttcaatttgg-----ttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG
   |  ||| |   |||| ||   | |   |  || | ||   ||  | |      ||||  |   | |   ||| |  || || ||  |     |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||  ||||  |||||
-agacatgtttcaattttctagagcatgccattttccactatgctgtgcagtatgaacttgcaccttgatcataacagcctccacttatgcccccttgcagCTTTGCAAGATTGACTCTGAGGGCAAGGCAAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGCGTCGTCGTCAAG

upper sequence: AT2G32060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G139900_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
----gtaagttgtcttccttttttatccttga--agctttctctcctctaaggaagactttgatggtaac--taataatcttcaatttgg----ttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG
     |   ||   ||   | || || ||| |  |||| | | | || | |     ||||||    | |   ||| ||||| || |||      |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| ||||  |||||
tttaatccatttagttgtgtgttgattcttcactagctgtgtattcttttatatgaactttggccttgatcgtaacaatctccactttcactccttgcagCTTTGCAAGATTGACTCCGAGGGCAAGGCAAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGTGTCGTTGTCAAG

upper sequence: AT2G32060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G132929_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
-----------gtaagttgtcttccttttttatccttgaagctttctctcctctaaggaagactttgatggtaactaataatcttcaatttggt--tgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG----------------------------------
           |  | |  ||    |  ||| | ||||   ||   |    |  || |     |    ||   | ||||  |    |  ||  |  || ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||| | ||  |||||                                  
ttgctgagcatgacattcttcactttgctttgtacttggcactaattgcatttcaacgttatgtaaagtga-gattaatcttaacaaccttcatactgtagCTTTGCAAGATCGACTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGTGTTGTTGTCAAGGTGAGTATATCATTTCCTACGGTACTACTACAAG

upper sequence: AT2G32060.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G132929_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-----------gtaagttgtcttccttttttatccttgaagctttctctcctctaaggaagactttgatggtaactaataatcttcaatttggt--tgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG
           |  | |  ||    |  ||| | ||||   ||   |    |  || |     |    ||   | ||||  |    |  ||  |  || ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||| | ||  |||||
ttgctgagcatgacattcttcactttgctttgtacttggcactaattgcatttcaacgttatgtaaagtga-gattaatcttaacaaccttcatactgtagCTTTGCAAGATCGACTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGTGTTGTTGTCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86017263|gb|DR313009.1|DR313009
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGT
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGT
EST: gi|86017252|gb|DR312998.1|DR312998
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGC
EST: gi|86017254|gb|DR313000.1|DR313000
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017259|gb|DR313005.1|DR313005
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017245|gb|DR312991.1|DR312991
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164185719|gb|EL988607.1|EL988607
EST:     CTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: CTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017237|gb|DR312983.1|DR312983
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017277|gb|DR313023.1|DR313023
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAASACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCT
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCT
EST: gi|86017232|gb|DR312978.1|DR312978
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGG-CAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTC
EST: gi|163967610|gb|ES138601.1|ES138601
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATT
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATT
EST: gi|164172103|gb|ES048442.1|ES048442
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGC
EST: gi|86017226|gb|DR312972.1|DR312972
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAGACACTCGGCGANTGGGCTGGT                         CTTTGCA-GATTGATTCTGAGGGCAATGCAA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAA
EST: gi|164073572|gb|EL991509.1|EL991509
EST:     ACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTNTTGGATGCTCA
genomic: ACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017236|gb|DR312982.1|DR312982
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGGAAGGTTGTTGGATGCTC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGG-AAGGTTGTTGGATGCTC
EST: gi|164171186|gb|ES134622.1|ES134622
EST:     ACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: ACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017224|gb|DR312970.1|DR312970
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCT
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCT
EST: gi|86017228|gb|DR312974.1|DR312974
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164114362|gb|ES063732.1|ES063732
EST:     CTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: CTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017257|gb|DR313003.1|DR313003
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017234|gb|DR312980.1|DR312980
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164037764|gb|ES150081.1|ES150081
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTC
EST: gi|86017217|gb|DR312963.1|DR312963
EST:     TCAAAKTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGKCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGC
EST: gi|86017267|gb|DR313013.1|DR313013
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017256|gb|DR313002.1|DR313002
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017222|gb|DR312968.1|DR312968
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGATCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017211|gb|DR312957.1|DR312957
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017253|gb|DR312999.1|DR312999
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017220|gb|DR312966.1|DR312966
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017250|gb|DR312996.1|DR312996
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017270|gb|DR313016.1|DR313016
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017262|gb|DR313008.1|DR313008
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGG
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGG
EST: gi|86017241|gb|DR312987.1|DR312987
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164209093|gb|ES139018.1|ES139018
EST:     AAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: AAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164159892|gb|ES025904.1|ES025904
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTAGCAAGATTGA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTT-GCAAGATTGA
EST: gi|124987847|gb|EL060272.1|EL060272
EST:     TTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017215|gb|DR312961.1|DR312961
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017247|gb|DR312993.1|DR312993
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164002091|gb|ES114845.1|ES114845
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTC
EST: gi|86017218|gb|DR312964.1|DR312964
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGC
EST: gi|163975336|gb|ES118902.1|ES118902
EST:     GCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: GCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|124749727|gb|EH839857.1|EH839857
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAG
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAG
EST: gi|164067004|gb|ES038807.1|ES038807
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTG
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTG
EST: gi|86017238|gb|DR312984.1|DR312984
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCT
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCT
EST: gi|163971719|gb|ES048595.1|ES048595
EST:     CTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGA-GGTTGTTGGATGCTCA
genomic: CTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017251|gb|DR312997.1|DR312997
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017258|gb|DR313004.1|DR313004
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCNACGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017268|gb|DR313014.1|DR313014
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|125042202|gb|EL114471.1|EL114471
EST:     CGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: CGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164060680|gb|ES130609.1|ES130609
EST:     GAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: GAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164236218|gb|EL976840.1|EL976840
EST:     GCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATTTGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTC
genomic: GCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAA--TGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTC
EST: gi|86017227|gb|DR312973.1|DR312973
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTG
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTG
EST: gi|164084737|gb|ES148129.1|ES148129
EST:     GTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: GTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017233|gb|DR312979.1|DR312979
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017274|gb|DR313020.1|DR313020
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017242|gb|DR312988.1|DR312988
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTNTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017278|gb|DR313024.1|DR313024
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86017229|gb|DR312975.1|DR312975
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGA
EST: gi|86017240|gb|DR312986.1|DR312986
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|124937106|gb|EL013920.1|EL013920
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGAT
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGAT
EST: gi|86017212|gb|DR312958.1|DR312958
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|125309874|gb|EL323959.1|EL323959
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTT
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTT
EST: gi|164163897|gb|ES087724.1|ES087724
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTC
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTC
EST: gi|86017266|gb|DR313012.1|DR313012
EST:     TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAAATTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAAACACTCGGCGAATGGGCTGGTgtaagttgtc ... ttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctctcctctaaggaagactttgatggtaactaataatcttcaatttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG
                            aactaat  putative branch site (score: 2)
                               taataatcttcaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttgtcttccttttttatccttgaagctttctctcctctaaggaagactttgatggtaactaataatcttcaatttggttgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAATGCAAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTCGTGATCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA