Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggatgttttaacttctctttatgtactcgttgtgcaatgataacatttaaaaagaatgttggtataaacgaaggttacatctttggtatgcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTGATATGGCCTTGAAGGATGGTGACAAATGGATGTTTGCTGGCCATGAAGTCCATGTTA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G31350.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G31350.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA15G03320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaggatgttttaacttctctttatgtactcgtt--gtgcaatgataacatttaaaaagaatgttggtataaacgaaggttacatctttggtat------gcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTGATATGGCCTTGAAGGATGGTGACAAATGGATGTTTGCTGGCCATGAAGTCCATGTTA
     | | | | | || |||  | | | |  ||   || | |  | | ||    |     |  |  | |      | ||||   |||   | |       ||||||||||| ||||  |  || ||  |  |||||||||| ||||||||   |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || | ||| |
----aaaggtctgaattttctaaaagcagttttttgatgtattttttatatgcttactagttactactttgtgtagatgttaacacttccatgttgcaaaacagGTGATTGGTTCAGGAACTGACAAGAAAAGGATTCCTGGCATTGATATCCACTTGAACGATGGTGATAAGTGGATGTTTGCTGGCCATGAGGTGCGTGTAA

upper sequence: AT2G31350.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G42070.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaggatgttttaacttctctttatgtactcgttg-tgcaatgataacatttaaaaagaatgttggtataaacgaaggttacatctttggtat------gcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTGATATGGCCTTGAAGGATGGTGACAAATGGATGTTTGCTGGCCATGAAGTCCATGTTA
     | | | | | || ||   | | | |  ||| |  | |  | | ||    |     |  |  | |      | ||||   |||   | |       ||||||||||| ||||  |  || || ||  |||||||||| ||||||||   |||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| || | ||| |
---aaaaggtctgaattttcgaaaagcagtttttgatatattttttatatgcttactagttactactttgtgtagatgttaacacttccatgttgcattacagGTGATTGGTTCAGGAACTGACAAGGAAAGGATTCCTGGCATTGATATCCACTTGAATGATGGAGATAAGTGGATGTTTGCTGGCCATGAGGTGCGTGTAA

upper sequence: AT2G31350.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv05s0102g01180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
--------gtaggatgttttaacttctctttatgtactcgttgtgcaatgataacatttaaaaagaatgttggtataaacgaaggttacatctttggtatgcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTGATATGGCCTTGAAGGATGGTGACAAATGGATGTTTGCTGGCCATGAAGTCCATGTTA
        | ||    ||||  |   |  ||||| | |  || || |||  |||  ||         |||     |  ||     ||     |||    || |||| ||||| || |  || || || || || ||||||||||||||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||   ||| |
tttgtgaagcagttcattttg-cccatgcttatg-attttttttgaaattgtaaacttatgcttttttgtgaagttttaccctttttgtgggttt--cttgtagGTAATTGGTTCTGGAATAGACAAGGATCGAATTCCTGGAATTGATATAGTTTTGAAAGATGGAGACAAGTGGATGTTTGCAGGCCATGAGGTGGTTGTAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125093940|gb|EL151479.1|EL151479
EST:     ATGATCACACTGGTGGGAATTTGGAATTAAAAGACAGGTACGGGGCAAAG                         GTGATTGGCTCAGCTATGG
genomic: ATGATCACACTGGTGGGAATTTGGAATTAAAAGACAGGTACGGGGCAAAGgtaggatgtt ... tggtatgcagGTGATTGGCTCAGCTATGG
EST: gi|124740744|gb|EH831906.1|EH831906
EST:     ATGATCACACTGGTGGGAATTTGGAATTAAAAGACAGGTACGGGGCAAAG                         GTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCC
genomic: ATGATCACACTGGTGGGAATTTGGAATTAAAAGACAGGTACGGGGCAAAGgtaggatgtt ... tggtatgcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCC
EST: gi|86055108|gb|DR350865.1|DR350865
EST:     ATGATCACACTGGTGGGAATTTGGAATTAAAAGACAGGTACGGGGCAAAG                         GTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTG
genomic: ATGATCACACTGGTGGGAATTTGGAATTAAAAGACAGGTACGGGGCAAAGgtaggatgtt ... tggtatgcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gataacatttaaaaagaatgttggtataaacgaaggttacatctttggtatgcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTGATATGGCCTTGAAGGATGGTGACAAATGGATGTTTGCTGGCCATGAAGTCCATGTTA
 tgataac  putative branch site (score: 2)
                                       catcttt  putative PPT
      atttaaaaagaatgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggatgttttaacttctctttatgtactcgttgtgcaatgataacatttaaaaagaatgttggtataaacgaaggttacatctttggtatgcagGTGATTGGCTCAGCTATGGATAAAGACCGGATTCCTGGAATTGATATGGCCTTGAAGGATGGTGACAAATGGATGTTTGCTGGCCATGAAGTCCATGTTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG