Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatccttcatattaaaaaagatcaacatcagcaattatctcattgtcccatatttcaccagactgatctgagctgtctttattgtattaatcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAAGCTTGCCTATGGGGACAATAGTGAATTTATCAAAGATAAAAGAATTGCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G30970.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|301502912|gb|HO208452.1|HO208452
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044672|gb|DR340427.1|DR340427
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATT-AA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044671|gb|DR340426.1|DR340426
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044675|gb|DR340430.1|DR340430
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|124968545|gb|EL042495.1|EL042495
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGG
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGG
EST: gi|86044667|gb|DR340422.1|DR340422
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|116454920|gb|EG497512.1|EG497512
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044664|gb|DR340419.1|DR340419
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044674|gb|DR340429.1|DR340429
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044676|gb|DR340431.1|DR340431
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044670|gb|DR340425.1|DR340425
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044679|gb|DR340434.1|DR340434
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044668|gb|DR340423.1|DR340423
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAA
EST: gi|86044677|gb|DR340432.1|DR340432
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044666|gb|DR340421.1|DR340421
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
EST: gi|86044663|gb|DR340418.1|DR340418
EST:     TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCAT                         GGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA
genomic: TTGGAATGTGTCAGAGAAGCTGAGAAAAGGCTTGCTGGGAGCACTTTCATgtaagagttt ... tcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcccatatttcaccagactgatctgagctgtctttattgtattaatcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAAGCTTGCCTATGGGGACAATAGTGAATTTATCAAAGATAAAAGAATTGCT
                                       tattaat  putative branch site (score: 2)
                                tttattgtattaatca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatccttcatattaaaaaagatcaacatcagcaattatctcattgtcccatatttcaccagactgatctgagctgtctttattgtattaatcatctaaagGGAGTACCTTCCTATGGGAGGAAGTGCCAAAATGGTGGACCTAACATTGAAGCTTGCCTATGGGGACAATAGTGAATTTATCAAAGATAAAAGAATTGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - taaaaaa
- - - - - - - - - - atcaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccagact