1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tggaaagcgttttgtgtgtgtttatgacacccttctgttgataagatgttcaaagtcatagtagagttgcataataatcaagtcttgtttacatgatcagATTGCAAAGCATTTATGCAAAAGTTCAAGGAAGTAGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCCTCTGATACCGCTGGTCTTCTTGAGAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G30060.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGGTTTGCTTCAGTTGAGA ATTGCAAAGCATTTATGCAAAAGTTCAAGGAAGTAGCTGAA
genomic: CCGGTTTGCTTCAGTTGAGAgtgagtgtga ... acatgatcagATTGCAAAGCATTTATGCAAAAGTTCAAGGAAGTAGCTGAA
atgttcaaagtcatagtagagttgcataataatcaagtcttgtttacatgatcagATTGCAAAGCATTTATGCAAAAGTTCAAGGAAGTAGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCCTCTGATACCGCTGGTCTTCTTGAGAA
ataataatcaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggaaagcgttttgtgtgtgtttatgacacccttctgttgataagatgttcaaagtcatagtagagttgcataataatcaagtcttgtttacatgatcagATTGCAAAGCATTTATGCAAAAGTTCAAGGAAGTAGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCCTCTGATACCGCTGGTCTTCTTGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - gttttgt
- - - - - - - - - - - - -gacaccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaaagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaag