Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgagttatctacctttcggaagcttgtttggtgatatatctctcgcggtgtttatctatatcttgcttgatctatgtagATAACACTTCCATATGATACACGTCAACTAGGAAAGGCAACAACGGATACCGCAGCACTTTATCTAGCATGTGGTATAGACGTCTCTAAGGCTTCAGTAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G25840.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125231243|gb|EL245328.1|EL245328
EST:     GATACATATGAAACACTCTTTATCATCGTAGACCATCACGCG                         ATAACACTTCCATATGATACA
genomic: GATACATATGAAACACTCTTTATCATCGTAGACCATCACGCGgtatgagtta ... atctatgtagATAACACTTCCATATGATACA
EST: gi|124744462|gb|EH835624.1|EH835624
EST:     ATACATATGAAACACTCTTTATCATCGTAGACCATCACGCG                         ATAACACTTCCATATGATAACACGTCAACTAGGAAAGGCAACAACGGATAC
genomic: ATACATATGAAACACTCTTTATCATCGTAGACCATCACGCGgtatgagtta ... atctatgtagATAACACTTCCATATGATA-CACGTCAACTAGGAAAGGCAACAACGGATAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttggtgatatatctctcgcggtgtttatctatatcttgcttgatctatgtagATAACACTTCCATATGATACACGTCAACTAGGAAAGGCAACAACGGATACCGCAGCACTTTATCTAGCATGTGGTATAGACGTCTCTAAGGCTTCAGTAT
                                        gcttgat  putative branch site (score: 5)
                          tttatctatatctt  TA-rich tract