Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttgggtttatcattggtattaccagttgggtaaatcaatcttgttttttattttgtacatttgttgattttattttgttacttgctaaactcgagtgaatcttttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G20360.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G20360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA13G18950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------------gtgagttgggtttatcattggtattaccagttgggtaaatcaatcttgttttttattttg--tacatttgttgattttattttgttacttgctaaactcga-gtgaatcttttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAG
                                                   || | ||   ||| || |    || |    ||  |  ||| |||  ||||     ||||   |        | | | |||| ||||  ||| |      || ||   |    |   ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || ||   ||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||
gtatgtatgtttctgggatttataattgttttagaaaaatgttatcagaatgttaattttttttttcctgtaaataaaatattttg-gaatgaattctgttacagcttttacttttcccccctaactgtattgtgttgattgtttttggtgatgttgtttcccttgtctagCTAAAATGGGATCTCAAGTCCTAGTTCCTTTCCGAGGCTCTGAAGATAATCCCCGTCATCTCAAATTGATGGGGGATTTGGGACAG

upper sequence: AT2G20360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv07s0005g04440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---------------------------------------------------------------------gtgagttgg-gtttat-cattggtattaccagt-tgggtaaatcaatcttgttttttattttgt-----acatttgttgattttattttgttacttgctaaactcgagtgaatc----ttttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAG
                                                                     |||| || |  | |    |||  |||    |   |||| |||    |||  ||      || ||     | | || ||| || ||||||  |       |   | |  || ||     |||| | | ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| || ||||| |||| ||| ||||| || |||||||| ||||||||||||
gtgagtggaatataaattttgttattatggaactagcacattggcccatgttatttttgtattgtatatgtgattttgtatctgcatatttctatcgtaaacgtggggaaagttctctaattccaagcttggtggtggaaagtttttgtttctatttttctctaatacatgtttgcttgtattataattttttcccagCTAAAATGGGATCCCAAGTGTTGGTTCCTTTCCGAGGTTCTGAGGATTCTCATCGTCATCTTAAATTGATGGGTGATTTAGGACAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86048717|gb|DR344472.1|DR344472
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|116387772|gb|EG430364.1|EG430364
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048723|gb|DR344478.1|DR344478
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048716|gb|DR344471.1|DR344471
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|116377195|gb|EG419787.1|EG419787
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048731|gb|DR344486.1|DR344486
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048712|gb|DR344467.1|DR344467
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048709|gb|DR344464.1|DR344464
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048725|gb|DR344480.1|DR344480
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048700|gb|DR344455.1|DR344455
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATNGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|163966241|gb|EL984729.1|EL984729
EST:     CACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: CACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048707|gb|DR344462.1|DR344462
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATC
EST: gi|86048708|gb|DR344463.1|DR344463
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|116377193|gb|EG419785.1|EG419785
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048720|gb|DR344475.1|DR344475
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048692|gb|DR344447.1|DR344447
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048698|gb|DR344453.1|DR344453
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048728|gb|DR344483.1|DR344483
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048733|gb|DR344488.1|DR344488
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048697|gb|DR344452.1|DR344452
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048727|gb|DR344482.1|DR344482
EST:     GTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGTCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCT
genomic: GTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTG-CAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAAT-GGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCT
EST: gi|86048701|gb|DR344456.1|DR344456
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048729|gb|DR344484.1|DR344484
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCT
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAG-TGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCT
EST: gi|86048714|gb|DR344469.1|DR344469
EST:     TTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: TTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048718|gb|DR344473.1|DR344473
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048726|gb|DR344481.1|DR344481
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048710|gb|DR344465.1|DR344465
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048706|gb|DR344461.1|DR344461
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048734|gb|DR344489.1|DR344489
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048691|gb|DR344446.1|DR344446
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048688|gb|DR344443.1|DR344443
EST:     GTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGASTCT
genomic: GTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAG-CTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCT
EST: gi|86048695|gb|DR344450.1|DR344450
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGNTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048737|gb|DR344492.1|DR344492
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048705|gb|DR344460.1|DR344460
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048721|gb|DR344476.1|DR344476
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048719|gb|DR344474.1|DR344474
EST:     GTATTTGGAGCCACAGGATTTCNGGGTCGTTATCTTGTGCACCCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTC
genomic: GTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGC-AGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTG-TTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTC
EST: gi|116377190|gb|EG419782.1|EG419782
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|116377199|gb|EG419791.1|EG419791
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048703|gb|DR344458.1|DR344458
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|116377200|gb|EG419792.1|EG419792
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048724|gb|DR344479.1|DR344479
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATC
EST: gi|86048704|gb|DR344459.1|DR344459
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048722|gb|DR344477.1|DR344477
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048738|gb|DR344493.1|DR344493
EST:     AGTATTTGGAGCCACARGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGSTCAGAGGASTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|116377196|gb|EG419788.1|EG419788
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|116377187|gb|EG419779.1|EG419779
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048693|gb|DR344448.1|DR344448
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048732|gb|DR344487.1|DR344487
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048730|gb|DR344485.1|DR344485
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048711|gb|DR344466.1|DR344466
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048690|gb|DR344445.1|DR344445
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048735|gb|DR344490.1|DR344490
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048713|gb|DR344468.1|DR344468
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
EST: gi|86048696|gb|DR344451.1|DR344451
EST:     AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAG                         CTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC
genomic: AGTATTTGGAGCCACAGGATTTCTGGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTAGgtgagttggg ... tttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttgttgattttattttgttacttgctaaactcgagtgaatcttttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAG
                         tgctaaa  putative branch site (score: 2)
                                          tcttttctact  putative PPT
      ttgattttattttgtt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagttgggtttatcattggtattaccagttgggtaaatcaatcttgttttttattttgtacatttgttgattttattttgttacttgctaaactcgagtgaatcttttctactagCTAAAATGGGATCACAAGTGCTTGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGACTCTCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT