Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtttgctttcagaatttttcaccatttccttaatgtttttaggatctctaggatctctgtagttatttatcccttcttgtcttgtttctcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAGGAGGCTCAAAAGGATTGACAGGAGACCTTGTTGAGAAAATCCCAAAGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G17730.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86056628|gb|DR352385.1|DR352385
EST:     TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA                         ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: gi|86056626|gb|DR352383.1|DR352383
EST:     TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA                         ATGGGAGCTGT
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGT
EST: gi|86056631|gb|DR352388.1|DR352388
EST:     TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA                         ATGGGAGCTGTGGATACAGCGTTTTGATGATCACACAAGCC
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGC-TTTTGATGATCACACAAGCC
EST: gi|86056622|gb|DR352379.1|DR352379
EST:     TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA                         ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: gi|124748877|gb|EH839007.1|EH839007
EST:     CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA                         ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
genomic: CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: gi|125065504|gb|EL132710.1|EL132710
EST:     CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA                         ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
genomic: CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: gi|86056630|gb|DR352387.1|DR352387
EST:     TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAA-GTCAA                         ATGGGGAGCTGTGGATACAGC
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGG-AGCTGTGGATACAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctctaggatctctgtagttatttatcccttcttgtcttgtttctcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAGGAGGCTCAAAAGGATTGACAGGAGACCTTGTTGAGAAAATCCCAAAGA
                   ttatttatcccttctt  CT-rich tract
                tagttatttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtttgctttcagaatttttcaccatttccttaatgtttttaggatctctaggatctctgtagttatttatcccttcttgtcttgtttctcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAGGAGGCTCAAAAGGATTGACAGGAGACCTTGTTGAGAAAATCCCAAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA