1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatgtttgctttcagaatttttcaccatttccttaatgtttttaggatctctaggatctctgtagttatttatcccttcttgtcttgtttctcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAGGAGGCTCAAAAGGATTGACAGGAGACCTTGTTGAGAAAATCCCAAAGA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G17730.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAEST: gi|86056626|gb|DR352383.1|DR352383
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTEST: gi|86056631|gb|DR352388.1|DR352388
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGT
EST: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTGGATACAGCGTTTTGATGATCACACAAGCCEST: gi|86079260|gb|DR375017.1|DR375017
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGC-TTTTGATGATCACACAAGCC
EST: GTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAEST: gi|86081521|gb|DR377278.1|DR377278
genomic: GTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAEST: gi|86056622|gb|DR352379.1|DR352379
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAEST: gi|124748877|gb|EH839007.1|EH839007
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAEST: gi|125065504|gb|EL132710.1|EL132710
genomic: CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAA ATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAEST: gi|86056630|gb|DR352387.1|DR352387
genomic: CTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACA
EST: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAA-GTCAA ATGGGGAGCTGTGGATACAGC
genomic: TTGTACGAGAGCGCATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCAGTGCAAAGTCAAgtatgtttgc ... tcctgatcagATGGG-AGCTGTGGATACAGC
atctctaggatctctgtagttatttatcccttcttgtcttgtttctcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAGGAGGCTCAAAAGGATTGACAGGAGACCTTGTTGAGAAAATCCCAAAGA
ttatttatcccttctt CT-rich tract
tagttatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtttgctttcagaatttttcaccatttccttaatgtttttaggatctctaggatctctgtagttatttatcccttcttgtcttgtttctcctgatcagATGGGAGCTGTGGATACAGCTTTTGATGATCACACAAGCCTTTTTGATACAGGAGGCTCAAAAGGATTGACAGGAGACCTTGTTGAGAAAATCCCAAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA