1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tattggtttatcatttgggggatgttttggaaccaaataataatcaaacatatatatacttttgattgtgattgactaagtcaaaacttacaaattgcagGTGGAAAAAGTCACACAAGATATAGATGACTTGGAGGCAATGATAAAGCCTTTGATAGACAAAAAAGTGGCAAATGCTGAAACAAAGCAACAAACTAAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G14095.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aaacatatatatacttttgattgtgattgactaagtcaaaacttacaaattgcagGTGGAAAAAGTCACACAAGATATAGATGACTTGGAGGCAATGATAAAGCCTTTGATAGACAAAAAAGTGGCAAATGCTGAAACAAAGCAACAAACTAAAG
aacttac putative branch site (score: 2)
tatatatacttttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattggtttatcatttgggggatgttttggaaccaaataataatcaaacatatatatacttttgattgtgattgactaagtcaaaacttacaaattgcagGTGGAAAAAGTCACACAAGATATAGATGACTTGGAGGCAATGATAAAGCCTTTGATAGACAAAAAAGTGGCAAATGCTGAAACAAAGCAACAAACTAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - ggtttat
- - - - - - - - - - - -gttttgg
- - - - - - - - - - - - - - - aaccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcaaaac