1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtcagctactgagaacaatctttgttgattaaccgtttagttggctcggaaagtttgattctatgtactgttgttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G04630.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|164166323|gb|EL988489.1|EL988489
genomic: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAGgtcagctact ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGCTGGAGGGTGAGACEST: gi|86074796|gb|DR370553.1|DR370553
genomic: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAGgtcagctact ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGAC
EST: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGCTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAEST: gi|116437351|gb|EG479943.1|EG479943
genomic: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAGgtcagctact ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
EST: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAG CATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
genomic: ACTAAGTATGAACGTGCACGTATCCTCGGCACTCGTGCTTTGCAGATTAGgtcagctact ... gctgatacagCATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGA
accgtttagttggctcggaaagtttgattctatgtactgttgttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
aaagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcagctactgagaacaatctttgttgattaaccgtttagttggctcggaaagtttgattctatgtactgttgttggctgatacagCATGAATGCTCCTGTTATGGTTGAGTTGGAGGGTGAGACTGATCCACTTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG