1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgatgatgctctcctctcttctctgtatgaatcagattctgatgattgtgttgttcgaacattaatctcattctcttatctccttgaaaatgttgcagGCTGATCTGATGGGAAGTCCGGTGGTGAGGCCAGTGGACATAGAGACAACAGCATTAGGAGCAGCCTATGCAGCTGGATTAGCTGTGGGATTCTGGAAGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G80460.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGAGTTGTATGGTGGTGCCACAGCTAACAACCTTCTGATGCAGATTCAG GCTGATCTGATGGGAAGTCCGGTGGEST: gi|47827848|gb|CK117532.1|CK117532
genomic: CAGAGTTG-ATGGTGGTGCCACAGCTAACAACCTTCTGATGCAGATTCAGgtatgatgat ... aatgttgcagGCTGATCTGATGGGAAGTCCGGTGG
EST: TCAGAGTTGATGGTGGTGCCACAGCTAACAACCTTCTGATGCAGATTCAG GCTGATCTGATGGGAAGTCCGGTGGTGAGGCCAGTGGACATAGAGACAACAEST: gi|124880005|gb|EH958907.1|EH958907
genomic: TCAGAGTTGATGGTGGTGCCACAGCTAACAACCTTCTGATGCAGATTCAGgtatgatgat ... aatgttgcagGCTGATCTGATGGGAAGTCCGGTGGTGAGGCCAGTGGACATAGAGACAACA
EST: TCAGAGTTGATGGTGGTGCCACAGCTAACAACCTTCTGATGCAGATTCAG GCTGATCTGAT
genomic: TCAGAGTTGATGGTGGTGCCACAGCTAACAACCTTCTGATGCAGATTCAGgtatgatgat ... aatgttgcagGCTGATCTGAT
gattgtgttgttcgaacattaatctcattctcttatctccttgaaaatgttgcagGCTGATCTGATGGGAAGTCCGGTGGTGAGGCCAGTGGACATAGAGACAACAGCATTAGGAGCAGCCTATGCAGCTGGATTAGCTGTGGGATTCTGGAAGG
cattaat putative branch site (score: 3)
aacattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgatgatgctctcctctcttctctgtatgaatcagattctgatgattgtgttgttcgaacattaatctcattctcttatctccttgaaaatgttgcagGCTGATCTGATGGGAAGTCCGGTGGTGAGGCCAGTGGACATAGAGACAACAGCATTAGGAGCAGCCTATGCAGCTGGATTAGCTGTGGGATTCTGGAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG