Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataaacactttctttcgctaatttctaaaacaagatttttatatatactattgaaaaaaacattatattatgtattgtcttctattgttgcgtgaaagaggatttttcgcttattctttgtttcttggcagGGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCAGCGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G69340.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G69340.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv01s0011g00870.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtataaacactttctttcgctaatttctaaaacaagatttttatata-tactattgaaaaaaacatt--atattatgtattgtcttctattgttg--cgtgaaagaggatttttcgcttattctttgtttcttggcagGGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCAGCGAG
                                      || | | || |||||||   |||   ||   | ||      |||| |   ||    |  | |  |||  ||  ||     ||| ||||  || ||  |||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| || || || || || ||
--------------------------------------ttctgtttactactattctgaaaggtatctgacatggcaacttgtttgaaataagagatcttagaagctgaaattattaatatgctttcctttttcacagGGTGGATGCCGTACAGGGATGGCTAAAGTAACTAATGCGTACGACCTTCCTGCTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116483352|gb|EG525944.1|EG525944
EST:     GCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTG                         GGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA
genomic: GCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTGgtataaacac ... ttcttggcagGGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA
EST: gi|116484633|gb|EG527225.1|EG527225
EST:     GTCTACATGTGGCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTG                         GGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA
genomic: GTCTACATGTGGCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTGgtataaacac ... ttcttggcagGGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA
EST: gi|116483396|gb|EG525988.1|EG525988
EST:     GCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTG                         GGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA
genomic: GCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTGgtataaacac ... ttcttggcagGGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA
EST: gi|86069589|gb|DR365346.1|DR365346
EST:     GTCTACATGTGGCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTG                         GGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA
genomic: GTCTACATGTGGCTGCTGGACCTGGCCTTGCAGAGCAATGTGCTACATTGgtataaacac ... ttcttggcagGGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtcttctattgttgcgtgaaagaggatttttcgcttattctttgtttcttggcagGGTGGATGCAGGACAGGGATGGCGAAAGTAACAAATGCCTATGATCTACCAGCGAG
                          tttttcgcttattctt  CT-rich tract
                                  ttattcttt  TA-rich tract