1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...agcagacctccaaatgtattacttgatagatggatgcataaactaatatatgtgtttgacaacatagatcctaatgaaatgtaattttaaaaatatatagATTTGAAGTCAGCGATGGAGGCATTTGGAGAAGTTGAAAGCAGCAAAGAAATGGAAAGAGAATCAACTAAACAAAATCTGAAGAAGAAACTCTCTTCAAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G61795.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAGACGAGCAACAATGTTTTAGAGCCAAACTCATCGTGGCCATTTCAAG ATTTGAAGTCAGCGATGGAGGCATTTGGAGAAGTTGAAAGCAGCAAAGAAA
genomic: CAAGACGAGCAACAATGTTTTAGAGCCAAACTCATCGTGGCCATTTCAAGgcaagttttt ... aaatatatagATTTGAAGTCAGCGATGGAGGCATTTGGAGAAGTTGAAAGCAGCAAAGAAA
atatatgtgtttgacaacatagatcctaatgaaatgtaattttaaaaatatatagATTTGAAGTCAGCGATGGAGGCATTTGGAGAAGTTGAAAGCAGCAAAGAAATGGAAAGAGAATCAACTAAACAAAATCTGAAGAAGAAACTCTCTTCAAA
tcctaat putative branch site (score: 2)
atagatcctaatgaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agcagacctccaaatgtattacttgatagatggatgcataaactaatatatgtgtttgacaacatagatcctaatgaaatgtaattttaaaaatatatagATTTGAAGTCAGCGATGGAGGCATTTGGAGAAGTTGAAAGCAGCAAAGAAATGGAAAGAGAATCAACTAAACAAAATCTGAAGAAGAAACTCTCTTCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
-gcagacc
- - - - tccaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - cataaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caacata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgaaa