Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttgctttctaacttcattcagcgaatttgctttggttattgagtgaatttgcaccgaatagctaagtggagttatctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTAAGATCCAAACTTGACTATCTTGGTCGTCTTCTTTCTCTTGAAATGGGAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G54100.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116486592|gb|EG529184.1|EG529184
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|86061617|gb|DR357374.1|DR357374
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|116420806|gb|EG463398.1|EG463398
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|116486590|gb|EG529182.1|EG529182
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|116486594|gb|EG529186.1|EG529186
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|301502094|gb|HO207634.1|HO207634
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|301501173|gb|HO206713.1|HO206713
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|301502366|gb|HO207906.1|HO207906
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
EST: gi|116486591|gb|EG529183.1|EG529183
EST:     ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAG                         GTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA
genomic: ACGAGCAAGGTTTGAAAGCTTGCGAGGAAGCAGCTAAAATATGGATGCAGgttgctttct ... tctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttggttattgagtgaatttgcaccgaatagctaagtggagttatctttatcagGTTACGGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTCAGACAGATTGGGGATGCACTAAGATCCAAACTTGACTATCTTGGTCGTCTTCTTTCTCTTGAAATGGGAA
                                          ttatcttt  CT-rich tract
                                          ttatctttat  TA-rich tract