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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcctaattacttaacttgcttttcttatccaacatttcctgttagataaatactgccttgacctttagttatatgctcaggttattggtatctttgcttagttatgataggatccttaagcaaactaaaagtcttaacctttcatttccttaattgagaatagTACTCTCTTCTTCTGATCTTGTTGATCTTGGTGGAGCTTGGATTCGCAGCATTTATTTTCTTCGATAACAGCTGGAGAGAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G32400.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116422549|gb|EG465141.1|EG465141
EST:     GTTCGAGGAGTGTCTGCTGCTTATCTTGC                         TACTCTCTTCTTCTGATCTTGTTGATCTTGGTGGAGCTTGGATTCCCAGCA
genomic: GTTCGAGGAGTGTCTGCTGCTTATCTTGCgtatcctaat ... ttgagaatagTACTCTCTTCTTCTGATCTTGTTGATCTTGGTGGAGCTTGGATTCGCAGCA
EST: gi|164147297|gb|ES144557.1|ES144557
EST:     GCTGTGGCTGTGTTGGTACTTGTTCGAGGAGCGTCTGCTGCTTATCTTGC                         TACTCTCTTCTTCTGATCTTG
genomic: GCTGTGGCTGTGTTGGTACTTGTTCGAGGAGTGTCTGCTGCTTATCTTGCgtatcctaat ... ttgagaatagTACTCTCTTCTTCTGATCTTG
EST: gi|116422550|gb|EG465142.1|EG465142
EST:     GTTCGAGGAGTGTCTGCTGCTTATCTTGC                         TACTCTCTTCTTCTGATCTTGTTGATCTTGGTGGAGCTTGGATTCCCAGCA
genomic: GTTCGAGGAGTGTCTGCTGCTTATCTTGCgtatcctaat ... ttgagaatagTACTCTCTTCTTCTGATCTTGTTGATCTTGGTGGAGCTTGGATTCGCAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggatccttaagcaaactaaaagtcttaacctttcatttccttaattgagaatagTACTCTCTTCTTCTGATCTTGTTGATCTTGGTGGAGCTTGGATTCGCAGCATTTATTTTCTTCGATAACAGCTGGAGAGAT
 ttccttaat  putative branch site 
             aaactaaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatcctaattacttaacttgcttttcttatccaacatttcctgttagataaatactgccttgacctttagttatatgctcaggttattggtatctttgcttagttatgataggatccttaagcaaactaaaagtcttaacctttcatttccttaattgagaatagTACTCTCTTCTTCTGATCTTGTTGATCTTGGTGGAGCTTGGATTCGCAGCATTTATTTTCTTCGATAACAGCTGGAGAGAT

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA