1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...caataacacctgtagtaaacagttttttgaaatagttcatgatcttagatattgtaatatgtatggctattgaccatgataaaatatttcgtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCCACCTCCTCGTCCGCAACAATGGTATCCTCAAAATCCAGCTCTTTCTGTA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G30970.2 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAAT GTATTATCCGGGTCCTCCTATGCEST: gi|47828227|gb|CK117911.1|CK117911
genomic: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAATgtatgtacta ... gtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGC
EST: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAAT GTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCCEST: gi|116406350|gb|EG448942.1|EG448942
genomic: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAATgtatgtacta ... gtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCC
EST: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAAT GTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCC
genomic: ATGGTATATCCGCCTCAACAAGTACCTGGTGCTGTACCTGCACGACCAATgtatgtacta ... gtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCC
tagatattgtaatatgtatggctattgaccatgataaaatatttcgtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCCACCTCCTCGTCCGCAACAATGGTATCCTCAAAATCCAGCTCTTTCTGTA
tattgac putative branch site (score: 2)
atgataaaatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caataacacctgtagtaaacagttttttgaaatagttcatgatcttagatattgtaatatgtatggctattgaccatgataaaatatttcgtgttagcagGTATTATCCGGGTCCTCCTATGCGTCATCCTGCTCCTGTATGGCAAATGCCACCTCCTCGTCCGCAACAATGGTATCCTCAAAATCCAGCTCTTTCTGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
caataac
- - - - - - - gtaaaca
- - - - - - - - - - - - - - gaaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaat