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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcatatataccttattgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttggttatcaatggcaaattgaatctttgatgttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G15930.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G15930.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g05580.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcatatataccttat-tgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttggttatcaatggcaaattgaatctttgatgttgtt-gcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG
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--------------------tcattgtccac-cttcctttgttctgtgtatttcttttaatttacagttatatgaaaa-gccttcttgtcc-tggttttaacaatacatattgtcatttgcagCTTTGCAAGATTGACTCTGAGGGCAAGGCAAGGAAGGTTGTGGGCTGCTCCTGCGTCGTTGTCAAG

upper sequence: AT1G15930.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g12650.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcatatataccttattgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttggttatcaatggcaaattgaatctttgatgttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG
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---------tatctaaat-tttaatttcattttgttgttgatatcgttctg-----catctctcctttctgcatatcttctgatttaacaatatcacaacaaacgtt----gtt--tgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTCGTAGGCTGCTCCTGCGTCGTTGTCAAG

upper sequence: AT1G15930.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os07g12650.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcatatataccttattgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttggttatcaatggcaaattgaatctttgatgttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG----------------------------------
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---------tatctaaat-tttaatttcattttgttgttgatatcgttctg-----catctctcctttctgcatatcttctgatttaacaatatcacaacaaacgtt----gtt--tgcagCTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTCGTAGGCTGCTCCTGCGTCGTTGTCAAGGTAGATAATTGATTACCCACCATACTACTTCAAA

upper sequence: AT1G15930.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G139900_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcatatataccttattgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttgg-ttatcaatggcaaattgaatctttgatgttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG
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-------------------tttaat-ccatttagttgtgtgttgattcttcactagctgtgtattcttttatatgaactttggccttgatcgtaacaatctccactttcactcct--tgcagCTTTGCAAGATTGACTCCGAGGGCAAGGCAAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGTGTCGTTGTCAAG

upper sequence: AT1G15930.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G132929_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcat-atataccttattgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttg-gttatcaatggcaaattgaatctt--tgatgtt---gttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG----------------------------------
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---------------------------ttgctgagcatgacattcttcact-ttgctttgtacttggcactaattgcatttcaacgttatgtaaagtgagattaatcttaacaaccttcatactgtagCTTTGCAAGATCGACTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGTGTTGTTGTCAAGGTGAGTATATCATTTCCTACGGTACTACTACAAG

upper sequence: AT1G15930.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G132929_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcat-atataccttattgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttg-gttatcaatggcaaattgaatctt--tgatgtt---gttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG
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---------------------------ttgctgagcatgacattcttcact-ttgctttgtacttggcactaattgcatttcaacgttatgtaaagtgagattaatcttaacaaccttcatactgtagCTTTGCAAGATCGACTCTGAGGGCAAGGCGAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGTGTTGTTGTCAAG

upper sequence: AT1G15930.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G063340_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtaagtctatgttttcctctttaatactgactcttcatatataccttattgtcgctcagtttatcctcctaaatgaatgtttgg-ttatcaatggcaaattgaatctttgatgttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG
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---------------------agacatgtttcaattttctagagcatgccattttccactatgctgtgcagtatgaacttgcaccttgatcataacagcctccacttatgccccc-ttgcagCTTTGCAAGATTGACTCTGAGGGCAAGGCAAGGAAGGTTGTAGGCTGCTCCTGCGTCGTCGTCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116453723|gb|EG496315.1|EG496315
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015338|gb|DR311084.1|DR311084
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGSTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGA
EST: gi|86015297|gb|DR311043.1|DR311043
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|124865525|gb|EH949962.1|EH949962
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTC
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTC
EST: gi|86015302|gb|DR311048.1|DR311048
EST:     CAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: CAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGG-CGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015320|gb|DR311066.1|DR311066
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTAGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015319|gb|DR311065.1|DR311065
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86076025|gb|DR371782.1|DR371782
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|124843124|gb|EH927561.1|EH927561
EST:     GAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: GAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164154489|gb|ES041472.1|ES041472
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGG
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGG
EST: gi|164192086|gb|ES185333.1|ES185333
EST:     TGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGG
genomic: TGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGG
EST: gi|86015312|gb|DR311058.1|DR311058
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015332|gb|DR311078.1|DR311078
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|124944348|gb|EL020457.1|EL020457
EST:     TTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015283|gb|DR311029.1|DR311029
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015287|gb|DR311033.1|DR311033
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTAGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|116453736|gb|EG496328.1|EG496328
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|116453744|gb|EG496336.1|EG496336
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTTTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|125093611|gb|EL151150.1|EL151150
EST:     ACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: ACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015285|gb|DR311031.1|DR311031
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATTCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015337|gb|DR311083.1|DR311083
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATTCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015317|gb|DR311063.1|DR311063
EST:     TNNGGNTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGGTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164008368|gb|ES139800.1|ES139800
EST:     GCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: GCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015341|gb|DR311087.1|DR311087
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86081951|gb|DR377710.1|DR377710
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|125008882|gb|EL081151.1|EL081151
EST:     TTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86075764|gb|DR371521.1|DR371521
EST:     TTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015296|gb|DR311042.1|DR311042
EST:     CAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: CAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGG-CGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015313|gb|DR311059.1|DR311059
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015327|gb|DR311073.1|DR311073
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTAGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015340|gb|DR311086.1|DR311086
EST:     -CAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86015331|gb|DR311077.1|DR311077
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCAAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|124931275|gb|EL008647.1|EL008647
EST:     TTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
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EST:     CAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: CAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGG-CGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|86081905|gb|DR377664.1|DR377664
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCA
EST: gi|164140048|gb|ES036821.1|ES036821
EST:     TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGT                         CTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGC
genomic: TCAGGTTGCTAACAGTTCCAAGTGCCAAGACCCTTGGCGAATGGGCTGGTgtaagtctat ... gttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctaaatgaatgtttggttatcaatggcaaattgaatctttgatgttgttgcagCTCTGCAAGATTGATTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTTGTCAAG
                             aaattgaat  TA-rich tract