Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtataagtaattcctatttgctattgtgctatgtgtggtctcttctttaagtttgagttagtaacttttggctttgtgtttttgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G13560.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070079|gb|DR365836.1|DR365836
EST:     CCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
EST: gi|125216172|gb|EL230255.1|EL230255
EST:     CCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGT
EST: gi|86070083|gb|DR365840.1|DR365840
EST:     CCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGNTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
EST: gi|86070078|gb|DR365835.1|DR365835
EST:     CCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
EST: gi|152034149|gb|BP868711.2|BP868711
EST:     CC-TCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
EST: gi|86070080|gb|DR365837.1|DR365837
EST:     CCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
EST: gi|86070077|gb|DR365834.1|DR365834
EST:     CCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
EST: gi|86070082|gb|DR365839.1|DR365839
EST:     CCCTCTATGGATGCCACCAAACATG                         ATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
genomic: CCCTCTATGGATGCCACCAAACATGgtataagtaa ... tgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctcttctttaagtttgagttagtaacttttggctttgtgtttttgtttcgcagATAACGCTTATGGGGTTTATGTTTCTAGTCACTTCCTCCCTGCTAGGCTAT
                     tagtaac  putative branch site (score: 1)
                                         tttttgtttc  putative PPT
        tttaagttt  TA-rich tract