1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gattttaggatcactgctacattgggtcaagtttaaagcattcatgtctaatttttcgccttgttccattcttaaaccttgggaattatgtgttgcacagGGAATAGTCCTGAAGATATTGGTGGGATTGGGATTAATTAAGTCGCATCATTTCTGGTTGGAGGTGGATCAGCTTGAAGAAGCTCTGCAAAATGTGCTTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G11200.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTACAAAGTTCATGTGCGTCAAAGGGATAGTGTTCTTCTGCTTTTGGCAG GGAATAGTCCTGAAGATATTGGTGGGATTGGGATTAATTAAGTCGCATCATEST: gi|125007315|gb|EL079584.1|EL079584
genomic: TTACAAAGTTCATGTGCGTCAAAGGGATAGTGTTCTTCTGCTTTTGGCAGgtaaatactt ... tgttgcacagGGAATAGTCCTGAAGATATTGGTGGGATTGGGATTAATTAAGTCGCATCAT
EST: CAAAGTTCATGTGCGTCAAAGGGATAGTGTTCTTCTGCTTTTGGCAG GGAATAGTCCTGAAGATATTGGTGGGATTGGGATTAATTAAGTCGCATCAT
genomic: CAAAGTTCATGTGCGTCAAAGGGATAGTGTTCTTCTGCTTTTGGCAGgtaaatactt ... tgttgcacagGGAATAGTCCTGAAGATATTGGTGGGATTGGGATTAATTAAGTCGCATCAT
gtctaatttttcgccttgttccattcttaaaccttgggaattatgtgttgcacagGGAATAGTCCTGAAGATATTGGTGGGATTGGGATTAATTAAGTCGCATCATTTCTGGTTGGAGGTGGATCAGCTTGAAGAAGCTCTGCAAAATGTGCTTG
gtctaat putative branch site (score: 3)
attcttaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gattttaggatcactgctacattgggtcaagtttaaagcattcatgtctaatttttcgccttgttccattcttaaaccttgggaattatgtgttgcacagGGAATAGTCCTGAAGATATTGGTGGGATTGGGATTAATTAAGTCGCATCATTTCTGGTTGGAGGTGGATCAGCTTGAAGAAGCTCTGCAAAATGTGCTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - -ctgctac
- - - - - - - - - - - - - - - - ttaaagc