Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtagcttttgtaatatggactaacttttatgattgttgtaaacctgttgcatctcaattctgcatgattctaacatgtgggctacctttgcaacaattttaatcaagttatttctatttatcatcttttcagGAGCATGAGAAGGGTGGGCGACAAGGGAAAACGATAAATATATTCTCCATTGCTTCAGGGCATTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G71220.2
intron # 29
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124881337|gb|EH960239.1|EH960239
EST:     CTGGTTTTGTTGGTGGTCGTCAACAATCAATGAAGGGAGGTCCTGACAAA                         GAGCATGAGAAGGGTGGGCG
genomic: CTGGTTTTGTTGGTGGTCGTCAACAATCAATGAAGGGAGGTCCTGACAAAgtgagtagct ... atcttttcagGAGCATGAGAAGGGTGGGCG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgggctacctttgcaacaattttaatcaagttatttctatttatcatcttttcagGAGCATGAGAAGGGTGGGCGACAAGGGAAAACGATAAATATATTCTCCATTGCTTCAGGGCATTT
                   ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                       tttatcatcttttc  putative PPT
                 aattttaatcaagtta  TA-rich tract