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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatataccatcatcaaccttataactcctatctctctattgcttcacagactaactcttgactttacagTACACTGAAGCAGACTTGTACAAGCAACTGTCATACTTCTGCCACATCTTAGACACACAATGCTCTTTAGAAAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G67100.1
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G67100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 28
lower sequence: GLYMA01G39430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 30
----------------------------------gtatataccatcatc----aaccttataactcctatctctctattgcttcacagactaact-cttgactttacagTACACTGAAGCAGACTTGTACAAGCAACTGTCATACTTCTGCCACATCTTAGACACACAATGCTCTTTAGAAAAG
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gtttcactccatgaacttgttgaaaattaacaatttataaattataatagtgaagccttaatgctttggtgt---tatgaattaactaaatatttatttgatttttcagTACACAGAAGCAGACTTGTACAAGCAGCTCTCGTATTTTTGCCATGTGTTCGATACTGTTTCTTGTATAGAAAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaccttataactcctatctctctattgcttcacagactaactcttgactttacagTACACTGAAGCAGACTTGTACAAGCAACTGTCATACTTCTGCCACATCTTAGACACACAATGCTCTTTAGAAAAG
     tataact  TA-rich tract