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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggcaatttttctgtactgctggggttgctcagttttagtattaacatgctgacatgacttgcccgtgaatgtttgatgaagGTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTGGGCAAACACCATCCCAGCTGTTGACAGTTCCTCACATGAAGAGGATGCCGTTGAAAGATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G45540.2
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G45540.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 28
lower sequence: GRMZM2G044143_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 26
----gtaaggcaatttttctgtactgctg-gggttgctcagttttagtatta-acatgctgacatgacttgcccgtgaatgtttgatgaagGTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTGGGCAAACACCATCCCAGCTGTTGACAGTTCCTCACATGAAGAGGATGCCGTTGAAAGATG
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gtaagtagcagggtgcataagttcatctacaggtttcctagtagcctttttgtgtaccttttcatgtttt-tctggaactacttta----gGTGGATCGGCGAGCTACACAAGATCAAATAGCTTACTTTGGACAAACACCATCTCAACTGCTGACTGTACCTCACATGAAGAGGAAGCCACTGGCGGAGG

upper sequence: AT2G45540.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 28
lower sequence: Vv15s0048g01650.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 27
gtaaggcaatttttctgtactgctggggttgct-cagttttagtattaacatgctgacatgacttgcccgtgaatgtttgatgaagGTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTGGGCAAACACCATCCCAGCTGTTGACAGTTCCTCACATGAAGAGGATGCCGTTGAAAGATG
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gtaagttc-catgtctgcacttatagtgtttcttcaatttggatattt---tgcttactt---tttcccataaatatcattaaaagGTACAACAGCGAGCTACACAAGATCAGATTGCTTACTTTGGACAAACCCCATCCCAACTTCTAACTACCCCTCACTTGAAGAAGATGCGGTTAGCAGATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164044689|gb|ES151278.1|ES151278
EST:     TCTACATTACCTACGAGGGGACTGTTGATATTGATAAGATCACGGACCCG                         GTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTAGGGCAAACACC
genomic: TCTACATTACCTACGAGGGGACTGTTGATATTGATAAGATCACGGACCCGgtaaggcaat ... tttgatgaagGTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTT-GGGCAAACACC
EST: gi|47828319|gb|CK118003.1|CK118003
EST:     TCTACATTACCTACGAGGGGACTGTTGATATTGATAAGATCACGGACCCG                         GTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTGGGCAAACACCA
genomic: TCTACATTACCTACGAGGGGACTGTTGATATTGATAAGATCACGGACCCGgtaaggcaat ... tttgatgaagGTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTGGGCAAACACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctcagttttagtattaacatgctgacatgacttgcccgtgaatgtttgatgaagGTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTGGGCAAACACCATCCCAGCTGTTGACAGTTCCTCACATGAAGAGGATGCCGTTGAAAGATG
      ttttagtattaacat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaggcaatttttctgtactgctggggttgctcagttttagtattaacatgctgacatgacttgcccgtgaatgtttgatgaagGTACAACAACGTGCCACACAAGACCAGATAGCTTATTTTGGGCAAACACCATCCCAGCTGTTGACAGTTCCTCACATGAAGAGGATGCCGTTGAAAGATG

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