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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcagcatattacttgctaagatttctcttggtaattaattttcgtaataaccttccttgaagaaatgattgacagtatgaaatttacttttcacagGAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAAATACAAATGCCAAAGCATCCCGTAAAAATTCCAAAAAGGTCAAGGATAATCTTATTAATCAATTTAAAGCTCCTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G13370.1
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164018009|gb|ES008202.1|ES008202
EST:     TACCTCGTGCTCCAAACTTAAAGGAGCGTGCCACTGCACTTCTGGAAATG                         GAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAA-TACAAA
genomic: TACCTCGTGCTCCAAACTTAAAGGAGCGTGCCACTGCACTTCTGGAAATGgtgcagcata ... cttttcacagGAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAAATACAAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgtaataaccttccttgaagaaatgattgacagtatgaaatttacttttcacagGAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAAATACAAATGCCAAAGCATCCCGTAAAAATTCCAAAAAGGTCAAGGATAATCTTATTAATCAATTTAAAGCTCCTG
                                         tttacttttc  CT-rich tract
                                  tatgaaatttactttt  TA-rich tract