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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgagaaactgaaacatacaaattagtttcaccatttggtctagttttgggatataacggagtgtttttttttattattgttggaagGTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACATGAATGAGCTCCAGCAATGGAACGAGCTCTATGGAGAAGGAGGCTCGAGGAAGAAGACATCACTGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02890.1
intron # 26
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G02890.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 25
lower sequence: LOC_Os11g43970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 27
gtttgagaaactgaaacatacaaattagtttcaccatttggtctagttttgggatataacggagtgtttttttttattattgttggaagGTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACATGAATGAGCTCCAGCAATGGAACGAGCTCTATGGAGAAGGAGGCTCGAGGAAGAAGACATCACTGA
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----gtgagaccagcacatt----ttatatttattttgagctctttacttgaaagttcataatctgatcaatttatttaccac----agGTTTGTGCAAGCGTTTCATCTGATTCAGCAAACATGAATGAACTTCTTCAATGGAACGACCTATATGGCGAGGGCGGTTCGAGGAAGAAGAAAGCACTGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttggtctagttttgggatataacggagtgtttttttttattattgttggaagGTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACATGAATGAGCTCCAGCAATGGAACGAGCTCTATGGAGAAGGAGGCTCGAGGAAGAAGACATCACTGA
                   atataac  putative branch site (score: 3)
                                tttttttttattatt  putative PPT
                            agtgtttttttttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtttgagaaactgaaacatacaaattagtttcaccatttggtctagttttgggatataacggagtgtttttttttattattgttggaagGTATGTGCGAGTGTGGCGTCTGATTCATCGAACATGAATGAGCTCCAGCAATGGAACGAGCTCTATGGAGAAGGAGGCTCGAGGAAGAAGACATCACTGA

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