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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattgatatctttcccatttgtaatttgctatcatatatttgcttcacggatttgcaatattcctcaaacttaagatccgcaacaacgtaatttacatggaaaaatgcagATATAAAAGTTGCGAGCCTTTAGCATTAACATGCCCCAGCTGCTCTACTGCTTTCAACTGTCCATCTATTATTAGTTCTGTTTGTGCGTCAATCAGTAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G67100.1
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164013308|gb|ES169890.1|ES169890
EST:     CGATGAAGAAAG                         ATATAAAAGTTGCGAGCCTTTAGCATTAACATGCCCCAGCTGCTCTACTGC
genomic: CGATGAAGAAAGgtattgatat ... aaaaatgcagATATAAAAGTTGCGAGCCTTTAGCATTAACATGCCCCAGCTGCTCTACTGC
EST: gi|164126323|gb|ES197990.1|ES197990
EST:     GCGATGAAGAAAG                         ATATAAAAGTTGCGAGCCTTTAGCATTAACATGCCCCAGCTGCTCTACTGC
genomic: GCGATGAAGAAAGgtattgatat ... aaaaatgcagATATAAAAGTTGCGAGCCTTTAGCATTAACATGCCCCAGCTGCTCTACTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caatattcctcaaacttaagatccgcaacaacgtaatttacatggaaaaatgcagATATAAAAGTTGCGAGCCTTTAGCATTAACATGCCCCAGCTGCTCTACTGCTTTCAACTGTCCATCTATTATTAGTTCTGTTTGTGCGTCAATCAGTAAG
                                 taatttacat  TA-rich tract