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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtggcattgcgttttccacgtgcctccaataatttcatttggtgatcaaatcaacacgtttttgatattgtttgcattatctgaattatgtttactctgaattctttctttgtcgttataaaatctctaatctttatagtcttcctttcatccttcagCTTACAAAGGCATACTTTGGGTTCGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGACACTGCAACCTTTATGCATCTCGTAGGTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G06120.2
intron # 25
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttctttgtcgttataaaatctctaatctttatagtcttcctttcatccttcagCTTACAAAGGCATACTTTGGGTTCGTCGAGGTTTTGTGTGCCAGTCATATTACCTTCATATTGAAACTGGACACTGCAACCTTTATGCATCTCGTAGGTT
                     ctctaat  putative branch site (score: 3)
                                    tcttcctttcatcctt  putative PPT
            ttataaaatctctaat  TA-rich tract