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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctcttgaaattggaagtcttcttttgttgtctaaacctatcaatttctttgcggaaatttatttgaagctgtagagttaaaattgagtcttttaaacttttgtagATGCGTTTGGAGTCAATTGAAGCTGTCAATAAAATTCTGGAAGAGGCTAATAAACGTATCCAACCAACTGGAACTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G35630.1
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G35630.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 25
lower sequence: Vv10s0116g00460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 16
gtgctcttgaaattggaagtcttcttttgttgtctaaacctatcaatttctttgcggaaatttatttgaagctgtagagttaaaattgagtcttttaaacttttgtagATGCGTTTGGAGTCAATTGAAGCTGTCAATAAAATTCTGGAAGAGGCTAATAAACGTATCCAACCAACTGGAACTG
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---------------gtctggttataacatattttagaccagtttgttttatattactcatgcattagattaccttgacc--acattgt-tcactcatatccc---agGTTCGTTTGGAATCAATTGAGACTGTAAATAAAATATTGGAAGAGTCCAATAAACGAATTCAACCAACTGGAACTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125068377|gb|EL134545.1|EL134545
EST:     AGAGTCCTGATTGGAAG                         ATGCGTTTGGAGTCAATTGAAGCTGTCAATAAAATTCTGGAAGAGGCTAAT
genomic: AGAGTCCTGATTGGAAGgtgctcttga ... acttttgtagATGCGTTTGGAGTCAATTGAAGCTGTCAATAAAATTCTGGAAGAGGCTAAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcggaaatttatttgaagctgtagagttaaaattgagtcttttaaacttttgtagATGCGTTTGGAGTCAATTGAAGCTGTCAATAAAATTCTGGAAGAGGCTAATAAACGTATCCAACCAACTGGAACTG
                                              cttttgt  CT-rich tract
                                       ttttaaacttttgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtgctcttgaaattggaagtcttcttttgttgtctaaacctatcaatttctttgcggaaatttatttgaagctgtagagttaaaattgagtcttttaaacttttgtagATGCGTTTGGAGTCAATTGAAGCTGTCAATAAAATTCTGGAAGAGGCTAATAAACGTATCCAACCAACTGGAACTG

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