Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaacataccaaactctcttttttggaaaatgctgggttataattgtagcgaatcacatggatttttaaactatggttacgagacttcaaatggcgaagaattcttaaattgacgaaatggttatggtgatgaaaacagGTGGTACAAGAGTGCAAAGAGATATATGAGAACACACTGGTAGATGGTAATCCTCCAAAGACAGGATTTGTATTCCCGAGAGTCAAGTGCTTAACTGCTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G71820.1
intron # 25
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G71820.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 25
lower sequence: GLYMA03G03120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 25
gtaaacataccaaactctcttttttggaaaatgctgggttataattgtagc-gaatcacatggatttttaaactatggttacgagacttcaaatggcgaagaattcttaaattgacgaaatggttatggtgatgaaaacagGTGGTACAAGAGTGCAAAGAGATATATGAGAACACACTGGTAGATGGTAATCCTCCAAAGACAGGATTTGTATTCCCGAGAGTCAAGTGCTTAACTGCTT
                                      |  ||||   ||  |  |||    ||    |||  ||||||  |  ||    || |    |   ||| |  ||||||| ||||| |  |  || | | ||  |||  | ||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| |  ||||||||| |||| ||||| || |   | || ||||||||||| ||  
------------------------------------catattaatcaaagttgtttcattaagaaaaataatttatggtgcctggaga--aattaattattgattttgtaattgac-aaatgttgtttttgttaataa--gGTCATTCAAGAGTGCAAAGAGATATATGAGAATTCACTTGTTGATGGAAGACCTCCAAAGGCAGGTTTTGTTTTTCGACGTGTGAAGTGCTTAACAGCAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttcaaatggcgaagaattcttaaattgacgaaatggttatggtgatgaaaacagGTGGTACAAGAGTGCAAAGAGATATATGAGAACACACTGGTAGATGGTAATCCTCCAAAGACAGGATTTGTATTCCCGAGAGTCAAGTGCTTAACTGCTT
                       aattgac  putative branch site (score: 3)
            aagaattcttaaatt  TA-rich tract