Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatacatgcttcatcttcttatataaactaacagtgtctcggggttttattggttgctgatgctgttttatcttatgtggattttctttgttttttgcagTGCTTACACCGCGTCAGTAGAGTTTACAGTTTATGGGAATGGTGAAAGTTCCAGCAACA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G52360.2
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125036120|gb|EL108389.1|EL108389
EST:     CAAGTCGGTCAAGGCCAATGTTGAAAAGTCTGAAAATTTTGTCTCTG                         TGCTTACACCGCGTCAGTAGAGTTTACAGTTTATGGGAATGGTGAAAGTTC
genomic: CAAGTCGGTCAAGGCCAATGTTGAAAAGTCTGAAAATTTTGTCTCTGgtgattaatt ... ttttttgcagTGCTTACACCGCGTCAGTAGAGTTTACAGTTTATGGGAATGGTGAAAGTTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttattggttgctgatgctgttttatcttatgtggattttctttgttttttgcagTGCTTACACCGCGTCAGTAGAGTTTACAGTTTATGGGAATGGTGAAAGTTCCAGCAACA
         tgctgat  putative branch site (score: 3)
                                    ttttctttgttttttg  putative PPT
                                   attttctttgtttttt  TA-rich tract