Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgattttcataggaatgtagattaaagttattatatagatgattgctcaaatcctttctacttttaatgtgatggccagcagCTGTCAGCAGCACTTCCCAATATTGGAAATCATGTTGTTATCAATCAGAAATTAAGCGCATTTGGTATGCACTTTCCATTTCAAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.2
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116440775|gb|EG483367.1|EG483367
EST:     CTCAAGGACTGTTCCAGTCAACTCCATCGCCATTGTTTTCTATTAGTCAG                         CTGTCAGCAGCACTTCCCAATATTGGAAATCATGTTGTTATCAATCAGAAA
genomic: CTCAAGGACTGTTCCAGTCAACTCCATCGCCATTGTTTTCTATTAGTCAGgtacgatttt ... tggccagcagCTGTCAGCAGCACTTCCCAATATTGGAAATCATGTTGTTATCAATCAGAAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttattatatagatgattgctcaaatcctttctacttttaatgtgatggccagcagCTGTCAGCAGCACTTCCCAATATTGGAAATCATGTTGTTATCAATCAGAAATTAAGCGCATTTGGTATGCACTTTCCATTTCAAAG
                                  ttttaat  putative branch site (score: 3)
                           tttctacttttaat  TA-rich tract