Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagcttctctaaactcttaaactaaatcttcaaagacatgtatacacttgtatttattttaacttgttgatctctaattggcagGTAGTTTCATTCACAGTCATGGGAAACTGAGGCTTGTGATAGCCTCGAAATGAAGTTACAATGTTTTGGATTTTGACCGGAAAGGTTGTGCAGAGGTGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G01320.2
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125205887|gb|EL220841.1|EL220841
EST:     ACTCACACACACATCTCTGATATTTGCTGTTTCATAGGGACAATATAAAG                         GTAGTTTCATTCACAG
genomic: ACTCACACACACATCTCTGATATTTGCTGTTTCATAGGGACAATATAAAGgttagcttct ... taattggcagGTAGTTTCATTCACAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcaaagacatgtatacacttgtatttattttaacttgttgatctctaattggcagGTAGTTTCATTCACAGTCATGGGAAACTGAGGCTTGTGATAGCCTCGAAATGAAGTTACAATGTTTTGGATTTTGACCGGAAAGGTTGTGCAGAGGTGAG
                                         tctct  CT-rich tract
           tatacacttgtattta  TA-rich tract