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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacatgatgttggcgtaattttaggtattgatgaatgatttatcttaaacgcagttgctcgttgcagTTAACGTCAACCATGCTGCATCTCCTGAGCCTAGTTTCAAGCTGTCATTTCGAAGCGTTGTCAGAATTTCTTATAAGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G38120.1
intron # 23
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164146077|gb|ES102194.1|ES102194
EST:     GACGACTGCAGCAAATTTCAAATATAAGAGGTCGCTTGAGAATCAG                         TTAACGTCAACCATGCTGCATCTCCTGAGCCTAGTTTCAAGCTGTCA
genomic: GACGACTCCAGCAAATTTCAAATATAAGAGGTCGCTTGAGAATCAGgtaacatgat ... ctcgttgcagTTAACGTCAACCATGCTGCATCTCCTGAGCCTAGTTTCAAGCTGTCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcgtaattttaggtattgatgaatgatttatcttaaacgcagttgctcgttgcagTTAACGTCAACCATGCTGCATCTCCTGAGCCTAGTTTCAAGCTGTCATTTCGAAGCGTTGTCAGAATTTCTTATAAGA
             tattgat  putative branch site (score: 3)
                     aatgatttatcttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaacatgatgttggcgtaattttaggtattgatgaatgatttatcttaaacgcagttgctcgttgcagTTAACGTCAACCATGCTGCATCTCCTGAGCCTAGTTTCAAGCTGTCATTTCGAAGCGTTGTCAGAATTTCTTATAAGA

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