Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgaaaagtctaatttattaacctctaaactcagctgtatttgttcgaatctgtgattagcctttgggctgtcatgatgctcagctcactcgattttctttgattttaccctcagctcactcgattttctttgattttaccagGCATCGTTTTTCAAGAATGGCATTAATGATATGGCTGGAAGAACCTTACGATGTGTTGCACTCGCCTTTAGAACCTATGAGGCTGAAAAGGTCCCAACAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G57110.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116481548|gb|EG524140.1|EG524140
EST:     GAAGCTACATCGATGAGGATGGTAATGTGGCACCAATGACTGACGACAAG                         GCATCGTTTTTCAAGAATGGCATTAATGATATGGCTGGAAGAACCTTACGA
genomic: GAAGCTACATCGATGAGGATGGTAATGTGGCACCAATGACTGACGACAAGgtttgtgaaa ... attttaccagGCATCGTTTTTCAAGAATGGCATTAATGATATGGCTGGAAGAACCTTACGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcgattttctttgattttaccctcagctcactcgattttctttgattttaccagGCATCGTTTTTCAAGAATGGCATTAATGATATGGCTGGAAGAACCTTACGATGTGTTGCACTCGCCTTTAGAACCTATGAGGCTGAAAAGGTCCCAACAG
                                    ttttctttgatttt  CT-rich tract
                                   attttctttgatttta  TA-rich tract