Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtacctctggacgaatttgtttcaagctgatttcagtgatttcataaatcttttatctcttagGTCGAAGCAGCACACTTATGACGATGTTGTGGAGAAAGTGGCTGAGAAGCTTGGTCTTGACGATCCATCCAAACTTAGGCTTACATCTCACAATTGCTAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G06600.2
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G06600.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 22
lower sequence: Vv08s0032g00600.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 22
-------------------gtaagtacctctg----gacgaat-----ttgtttcaagctgatttcagtgatt-tcataaatcttttatctcttagGTCGAAGCAGCACACTTATGACGATGTTGTGGAGAAAGTGGCTGAGAAGCTTGGTCTTGACGATCCATCCAAACTTAGGCTTACATCTCACAATTGCTAT
                    | |||   ||||    || ||       ||||||  |  |||| || || |   || |  || | |  | |   ||||| ||||  |||| |||||| ||||||||||| | |||||||   |  |||||| | || |||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||
gtaagtacatatccatctaatcagtggttctgacatgatgagaatctgttgtttttatttgatgtctgtaaccctctttcatttatattattcaagGTCAAAGCTACACAATTATGATGATGTTGTGGAAAGAGTGGCTCGTAGACTTGGTTTGGATGATCCATCCAAAATCAGACTTACATCTCACAACTGCTAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggacgaatttgtttcaagctgatttcagtgatttcataaatcttttatctcttagGTCGAAGCAGCACACTTATGACGATGTTGTGGAGAAAGTGGCTGAGAAGCTTGGTCTTGACGATCCATCCAAACTTAGGCTTACATCTCACAATTGCTAT
                agctgat  putative branch site (score: 4)
                                        tcttttatctctt  putative PPT
                              atttcataaatctttt  TA-rich tract