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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgcaattttctgtctgatgactttttttttaatgaactaagtttatctactaacacaatacggtttgagtgtgtagCCAAGGATGATGCTGACGGTGGATCAGAGCCTGAAGCCCATCTCGGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCGGTTGATGTGGTTGGACAGGCAGGCCGACCTA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G28470.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116376321|gb|EG418913.1|EG418913
EST:     TACTGGGGAAATATCACTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAG                         CCAAGGATGATGCTGACGGTGGATCAGAGCCTGAAGCCCATCTCGGTGCCA
genomic: TACTGGGGAAATATCACTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAGgtgagtgcaa ... gagtgtgtagCCAAGGATGATGCTGACGGTGGATCAGAGCCTGAAGCCCATCTCGGTGCCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttttttaatgaactaagtttatctactaacacaatacggtttgagtgtgtagCCAAGGATGATGCTGACGGTGGATCAGAGCCTGAAGCCCATCTCGGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCGGTTGATGTGGTTGGACAGGCAGGCCGACCTA
                          tactaac  putative branch site (score: 0)
     ttttaatgaactaa  TA-rich tract