Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttctcgttaacaaattagttttgtaccgcgaagtaaattcgataaaatgataaatggaatgattctaatgtgtaagaggtttcatctgggacatgattacagGGTTGCTGATGGAAGACGCTCAATTGTTCTTGTTGTCTTCATTGGAGGTGTAACATTTGCTGAAATCTCTGCTTTACGGTATCTCGCCTCTAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G54860.2
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125118361|gb|EL167114.1|EL167114
EST:     GGATTCCCAAGTAGTCCATCAGTTGATTCATTGCACGGAGCTTCAAATGG                         GGTTGCTGATGGAAGACGCTCAATTG
genomic: GGATTCCCAAGTAGTCCATCAGTTGATTCATTGCACGGAGCTTCAAATGGgtaagtttct ... atgattacagGGTTGCTGATGGAAGACGCTCAATTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgataaatggaatgattctaatgtgtaagaggtttcatctgggacatgattacagGGTTGCTGATGGAAGACGCTCAATTGTTCTTGTTGTCTTCATTGGAGGTGTAACATTTGCTGAAATCTCTGCTTTACGGTATCTCGCCTCTAAG
               ttctaat  putative branch site (score: 2)
              attctaat  TA-rich tract