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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattaggctttctgttcatatcgttctgcagttattgaaatgtcacagattttgttaactttatactccatacatttacaaacttcaagctttttaattgggcttttggaaaccataaccaactgagtccatatcttttttgttgtatcttgaattttgtttcagATTAAACTTAGAGGGTTCCTGTCGCATGTTCAGCAACTTCGTGTCGGCTATTGGGGTGCTTCTTCATTTAAGCAGCAGGCCATATCTGCTGGGTTGCCAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G49040.1
intron # 21
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116437573|gb|EG480165.1|EG480165
EST:     ACATGATCGAGACAATAGCAGAGAAACAAAAGCTTGGATATAAATTACTG                         ATTAAACTTAGAGGGTTCCTGTCGCATGTTCAGCAACTTCGTGTCGGCTAT
genomic: ACATGATCGAGACAATAGCAGAGAAACAAAAGCTTGGATATAAATTACTGgtaaattagg ... tttgtttcagATTAAACTTAGAGGGTTCCTGTCGCATGTTCAGCAACTTCGTGTCGGCTAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaccataaccaactgagtccatatcttttttgttgtatcttgaattttgtttcagATTAAACTTAGAGGGTTCCTGTCGCATGTTCAGCAACTTCGTGTCGGCTATTGGGGTGCTTCTTCATTTAAGCAGCAGGCCATATCTGCTGGGTTGCCAT
  ccataac  putative branch site (score: 3)
                                            ttttgtttc  putative PPT
                    atatcttttttgtt  TA-rich tract