Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaaaaattgcagccaatttgttttcttgtttaccaggctttgatttttttaccaggctttgattttaatgtcatcacagccaccgtgccaatttcatcgtgacttcttctaatatgtcctatggtaatgttgtgatcagGTTGCGTGGGTGGCTGTGATGACATTCTTAAACAGTTGATAGACATCTGTGGAACTGGATCCCGTTCTCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G63920.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G63920.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 20
lower sequence: Vv04s0044g01570.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 13
gtaaaaaaaattgcagccaatttgttttcttgtttaccaggctttgatttttttaccaggctttgattttaatgtcatcacagccaccgtgccaatttcatcgtgacttcttctaatatgtcctatggtaatgttgtgatcagGTTGCGTGGGTGGCTGTGATGACATTCTTAAACAGTTGATAGACATCTGTGGAACTGGATCCCGTTCTCAAG
      | |  |||||   || ||||       | | ||    |  |||  ||||  | |  | |||||||  ||  | |    ||                 ||| | |||   | || |||| |              ||||||| ||  ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || || |||||||| |||||   |    
----tgatacatgcaggatatctgtt-----agtcatcaattgtcaattactttagtatg--tggattttacggttgtaatcaacatt---------------tgattcctt---acatatcctgt--------------cagGTTGTGTTTGTGGCTGTGATGAGATTCTTAGACAGTTGACAGAAATTTGCGGAACTGGCTCCCGCATTT---


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgccaatttcatcgtgacttcttctaatatgtcctatggtaatgttgtgatcagGTTGCGTGGGTGGCTGTGATGACATTCTTAAACAGTTGATAGACATCTGTGGAACTGGATCCCGTTCTCAAG
                      ttctaat  putative branch site (score: 2)
                      ttctaatat  TA-rich tract