Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagcttttaactttgtttttcttacagtaccctagaaatgaattgtcttgatttgaaaatcttgtgacaaaatatcttacatttttgtaatactgtccctggatgagttattgcatttacatcaaccttacctttcacgtgacatgtattacagGACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTGGAGACATTAGTTACTGTTGGAATGCAACTTGGTGTCTCCTTTCCAAAGC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G25970.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116412237|gb|EG454829.1|EG454829
EST:     TTGGTTACTTTTCATTTGGTGGAAGCACAGTTATATGCGTCTTTGAAAAG                         GACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTG
genomic: TTGGTTACTTTTCATTTGGTGGAAGCACAGTTATATGCGTCTTTGAAAAGgttagctttt ... tgtattacagGACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTG
EST: gi|125074354|gb|EL138324.1|EL138324
EST:     CTTTTCATTTGGTGGAAGCACAGTTATATGCGTCTTTGAAAAG                         GACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTG
genomic: CTTTTCATTTGGTGGAAGCACAGTTATATGCGTCTTTGAAAAGgttagctttt ... tgtattacagGACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTG
EST: gi|124756890|gb|EH847020.1|EH847020
EST:     GAAGCGCAGTTATATGCGTCTTTGAAAAG                         GACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTG
genomic: GAAGCACAGTTATATGCGTCTTTGAAAAGgttagctttt ... tgtattacagGACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTG
EST: gi|124703856|gb|EH795258.1|EH795258
EST:     GTCTTTGAAAAG                         GACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTG
genomic: GTCTTTGAAAAGgttagctttt ... tgtattacagGACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggatgagttattgcatttacatcaaccttacctttcacgtgacatgtattacagGACTCGATTAAGATTGATGAGGATCTCTTAGCTAACAGTGCTAGGTCCTTGGAGACATTAGTTACTGTTGGAATGCAACTTGGTGTCTCCTTTCCAAAGC
                         accttac  putative branch site (score: 3)
               atttacat  TA-rich tract