Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...caaccattttttctgcactggcgctatcatgactgttaaatagctcatcaggatgtttctaggacagctatgtgattgctgaaatatatttctgtttcagGATGATTATGTCCAGAATTACGTGGTTAAAAACAACTTGTTGAAACCGATCATAGATGTCTTCATTGCCAATGGAACCCGGTACAATCTGCTGAACTCTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G06670.2
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125251645|gb|EL265730.1|EL265730
EST:     ACCTAGTGGTCGCTGCTATACGATTTGTCCGTACTCTCCTCTCTGTCCAT                         GATGATTATGTCCAGAA
genomic: ACCTAGTGGTCGCTGCTATACGATTTGTCCGTACTCTCCTCTCTGTCCATgtgagtagat ... tctgtttcagGATGATTATGTCCAGAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catcaggatgtttctaggacagctatgtgattgctgaaatatatttctgtttcagGATGATTATGTCCAGAATTACGTGGTTAAAAACAACTTGTTGAAACCGATCATAGATGTCTTCATTGCCAATGGAACCCGGTACAATCTGCTGAACTCTG
                                           tttctgtttc  CT-rich tract
                                    aaatatatttctgttt  TA-rich tract