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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcatttcctatcttactcttagaaagctgaaagtacatggtacaattttcagttgatcatttcgtctcttttggtcccattattaaattctttttgtatgctacagACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAGAATCCTACAGGGACTAATGCAATTGTTGCTGTCCTCGCACATA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G29940.1
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116447247|gb|EG489839.1|EG489839
EST:     CTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTGCAG                         ACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATT
genomic: CTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTGCAGgtcatttcct ... tatgctacagACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATT
EST: gi|116447248|gb|EG489840.1|EG489840
EST:     CTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTGCAG                         ACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATT
genomic: CTACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAGATTTACCACCTGCAGgtcatttcct ... tatgctacagACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATT
EST: gi|125001149|gb|EL073418.1|EL073418
EST:     TACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAGAAAGACTTACCACCTGCAG                         ACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTA
genomic: TACTCAAGCACTCCAATTTCGTGCCGACCAG-AAGATTTACCACCTGCAGgtcatttcct ... tatgctacagACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgatcatttcgtctcttttggtcccattattaaattctttttgtatgctacagACTCCTCAATCCCCTGTGGTCCGCACAAAAACATACACCACTTACAGTATTGATGAGAATCCTACAGGGACTAATGCAATTGTTGCTGTCCTCGCACATA
 agttgat  putative branch site (score: 5)
                                    ttctttttgt  putative PPT
                           attattaaattctttt  TA-rich tract