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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacaaatctttgtctccgaaattgtgtttttttgctcttagttatgacttattcaatccattccgctggattcaattatttataaatcattctttctgggttttgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTGGCATGTTCTCAGGCATTGGTTCAACCATTGCTCAGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G64400.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86081614|gb|DR377371.1|DR377371
EST:     GCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACYTCCTCCAGCTCCAGYTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: GCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|116439471|gb|EG482063.1|EG482063
EST:     CCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: CCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|47829059|gb|CK118743.1|CK118743
EST:     TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|164148547|gb|ES076187.1|ES076187
EST:     GCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: GCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|163988221|gb|ES092536.1|ES092536
EST:     CCCCT-GCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGT
genomic: CCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGT
EST: gi|116462329|gb|EG504921.1|EG504921
EST:     TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGC---GGTGGTGGTG
genomic: TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|124856849|gb|EH941286.1|EH941286
EST:     CCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCATGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGG
genomic: CCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGG
EST: gi|124715146|gb|EH806548.1|EH806548
EST:     TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCAC
genomic: TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCAC
EST: gi|301502466|gb|HO208006.1|HO208006
EST:     TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|116439469|gb|EG482061.1|EG482061
EST:     CCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: CCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|152035094|gb|BP844446.2|BP844446
EST:     TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: TGCCCCTCGCCCTCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
EST: gi|164171049|gb|ES030983.1|ES030983
EST:     GCCCAGCTCCTCAACCTG                         TACACCGTGCACCTCCTCCAGCNCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG
genomic: GCCCAGCTCCTCAACCTGgtacaaatct ... tgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattccgctggattcaattatttataaatcattctttctgggttttgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTGGCATGTTCTCAGGCATTGGTTCAACCATTGCTCAGG
                                          ttttgtttt  CT-rich tract
           attcaattatttataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtacaaatctttgtctccgaaattgtgtttttttgctcttagttatgacttattcaatccattccgctggattcaattatttataaatcattctttctgggttttgttttgcagTACACCGTGCACCTCCTCCAGCTCCAGCTCAGGCCAGCGGTGGTGGTGGTGGCATGTTCTCAGGCATTGGTTCAACCATTGCTCAGG

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