Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|116465722|gb|EG508314.1|EG508314EST: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTG GGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
genomic: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTGgtaagaaaac ... ttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
EST:
gi|124958929|gb|EL033639.1|EL033639EST: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTG GGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGA
genomic: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTGgtaagaaaac ... ttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGA
EST:
gi|116483570|gb|EG526162.1|EG526162EST: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTG GGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
genomic: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTGgtaagaaaac ... ttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
EST:
gi|124970052|gb|EL043909.1|EL043909EST: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTG GGCTTTACAGGTACAGAGTGG
genomic: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTGgtaagaaaac ... ttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGG
EST:
gi|116482415|gb|EG525007.1|EG525007EST: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTG GGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
genomic: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTGgtaagaaaac ... ttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
EST:
gi|116465777|gb|EG508369.1|EG508369EST: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTG GGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
genomic: CGATGTCAAGCTTGGTCAGGAGTACGAGCTTGTTGTCACCACCTATGCTGgtaagaaaac ... ttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.attcatttgtttacaaaagattgaatgttgtgttgttttgtgattttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGAACAATGCGCCTCAGTTCAGCTTCATATGCCGCAAGAACGTGGTCTTAAG
ttttctat CT-rich tract
tttacaaaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaagaaaaccaaccacctttcattgatttgctttggttaccaaaagattgaatctttccaactaaaagtgagaatcttcaattcatttgtttacaaaagattgaatgttgtgttgttttgtgattttctatgcagGGCTTTACAGGTACAGAGTGGGTGATGTCCTAAGCGTGGCTGGTTTCAAGAACAATGCGCCTCAGTTCAGCTTCATATGCCGCAAGAACGTGGTCTTAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC