Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttcactctcttttatttccaagatctaacattgactttctcatcaaacatatattatataaaatatttgacttttcaaaactctaatttattccttcagGATGAATGGGTGATCTCTAGGGTTTTCCAGAAAACCACTTTAGCTAGCACCGGAGCCGTCTCCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGCAACTGTGAGCGTAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G53950.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164013300|gb|ES169560.1|ES169560
EST:     ATCGTCTTGAAGGCAAATTCTCTTACCATTTCATCTCAAGAAGCTCCAAG                         GATGAATGGGTGATCTCTAGGGTTTTCCAGAAAACCACTTTAGC
genomic: ATCGTCTTGAAGGCAAATTCTCTTACCATTTCATCTCAAGAAGCTCCAAGgtacttcgat ... attccttcagGATGAATGGGTGATCTCTAGGGTTTTCCAGAAAACCACTTTAGC
EST: gi|86061083|gb|DR356840.1|DR356840
EST:     ATCGTCTTGAAGGCAAATTCTCTTACCATTTCATCTCAAGA-GCTCCAAG                         GATGAATGGGTGATCT
genomic: ATCGTCTTGAAGGCAAATTCTCTTACCATTTCATCTCAAGAAGCTCCAAGgtacttcgat ... attccttcagGATGAATGGGTGATCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaacatatattatataaaatatttgacttttcaaaactctaatttattccttcagGATGAATGGGTGATCTCTAGGGTTTTCCAGAAAACCACTTTAGCTAGCACCGGAGCCGTCTCCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGCAACTGTGAGCGTAA
                                    ctctaat  putative branch site (score: 3)
                                          tttattccttc  CT-rich tract
     tatattatataaaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttcactctcttttatttccaagatctaacattgactttctcatcaaacatatattatataaaatatttgacttttcaaaactctaatttattccttcagGATGAATGGGTGATCTCTAGGGTTTTCCAGAAAACCACTTTAGCTAGCACCGGAGCCGTCTCCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGCAACTGTGAGCGTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA
- - actctct
- - - - - - - - - ccaagat
- - - - - - - - - - - - -ctaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaactc