1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtacttatgatataatcagagagatatttggttttttctttgatttggtatggctcttgacattggtttttgatgggtgtgaatgttgcaaaacaaagACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACATGAATGTGCTGGGATCATTGAAGAAGTAGGTGAAGAAGTGAAACATTTAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G51970.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAG ACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACATEST: gi|116466832|gb|EG509424.1|EG509424
genomic: TTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAGgtacttatga ... caaaacaaagACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACAT
EST: TTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAG ACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACATEST: gi|116467235|gb|EG509827.1|EG509827
genomic: TTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAGgtacttatga ... caaaacaaagACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACAT
EST: TTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAG ACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACATEST: gi|124783578|gb|EH873410.1|EH873410
genomic: TTAGGATGAAAGCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCTTAAGgtacttatga ... caaaacaaagACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACAT
EST: GCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTCTATTACCTTAAG ACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACAT
genomic: GCTGTTGGTATTTGTGGAAGTGATGTTC-ATTACCTTAAGgtacttatga ... caaaacaaagACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACAT
tttggtatggctcttgacattggtttttgatgggtgtgaatgttgcaaaacaaagACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACATGAATGTGCTGGGATCATTGAAGAAGTAGGTGAAGAAGTGAAACATTTAG
tttttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacttatgatataatcagagagatatttggttttttctttgatttggtatggctcttgacattggtttttgatgggtgtgaatgttgcaaaacaaagACCATGAGATGTGCGGATTTTGTGGTGAAAGAGCCGATGGTGATTGGACATGAATGTGCTGGGATCATTGAAGAAGTAGGTGAAGAAGTGAAACATTTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT