1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtcaatttcacaattttctccattccatactcaagttcttatatgtgttttggtctttgtttcatcaatttgtggttttgaaattggtatagATGAATCAAGAGTCTTTTATTGAGGGATTGGCAGAGGAGTTTCGGTTGCCAATTACTCATAGGGTTACTGAAAATGTTGATTTGGAGGATGTGGAGCAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G26610.3 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTAAGACGGAAGCAAGTAGTAGAGAGAAACGGATTTATGAGAAAGATCAG ATGAATCAAGAGTCTTTTATTGAGGGATTGGCAGAGGAGTTTCGGTTGCCAEST: gi|116457807|gb|EG500399.1|EG500399
genomic: GTAAGACGGAAGCAAGTAGTAGAGAGAAACGGATTTATGAGAAAGATCAGgtcaatttca ... attggtatagATGAATCAAGAGTCTTTTATTGAGGGATTGGCAGAGGAGTTTCGGTTGCCA
EST: GTAAGACGGAAGCAAGTAGTAGAGAGAAACGGATTTATGAGAAAGATCAG ATGAATCAAGAGTCTTTTATTGAGGGATTGGCAGAGGAGTTTCGGTTGCCA
genomic: GTAAGACGGAAGCAAGTAGTAGAGAGAAACGGATTTATGAGAAAGATCAGgtcaatttca ... attggtatagATGAATCAAGAGTCTTTTATTGAGGGATTGGCAGAGGAGTTTCGGTTGCCA
cttatatgtgttttggtctttgtttcatcaatttgtggttttgaaattggtatagATGAATCAAGAGTCTTTTATTGAGGGATTGGCAGAGGAGTTTCGGTTGCCAATTACTCATAGGGTTACTGAAAATGTTGATTTGGAGGATGTGGAGCAAG
ttttgaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcaatttcacaattttctccattccatactcaagttcttatatgtgttttggtctttgtttcatcaatttgtggttttgaaattggtatagATGAATCAAGAGTCTTTTATTGAGGGATTGGCAGAGGAGTTTCGGTTGCCAATTACTCATAGGGTTACTGAAAATGTTGATTTGGAGGATGTGGAGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG