Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaattcttggattctttccataacgtgcctgaagtagacatgattcttgattaatggcagtgatttccttagttttttcaatgggttgtgttcttgtttattgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGATGTTATAACACAGGCTTTAGAAGAGAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G16710.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G16710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA18G04510.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
-------------------------------gtgaattcttggattctttccataacgtgcctgaagtagacatgattcttgattaatggcagtgat-ttccttagttttttcaatgggttgtgttcttgtttattgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGATGTTATAACACAGGCTTTAGAAGAGAAG
                                    || | |   |  |  | |        ||||  || ||     |   ||    |    | ||  | |||  ||| ||   |   || | || |  ||| ||| |   ||||||| | ||  | |  || || |||||||| || ||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||  | || |||||||| 
ggtgaccttctgctccatttttttcctttttcccccttttagagctgctatctttgtaaaattgaatcagccacagaccac-atgcccgatcctcatactactttatttgttttcttccttatattttgttttgttggtc--taGGTTCCTTAAAGTCAACCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGAGAAGTGGGTTCCTGATTCAGATGTTATTACTCAAACATTGGAAGAGAA-

upper sequence: AT5G16710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA11G33700.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
---------------------gtgaattc-ttggattctttccataacgtgcctgaagtagacatgat-tcttgattaatggcagtgatttcct-------tagttttttcaatgggttgtgttcttgtttattgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGATGTTATAACACAGGCTTTAGAAGAGAAG
                      |||  |  ||  |||  ||  ||    |        ||||  || | |||| || ||    ||| || | |        |  |  | | | |   || | || |  ||| ||| ||  ||||||| | ||  | | ||| || |||||||| || ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| || ||  | || |||||||||
gtgaccttctgctccatttatttgagctaattttatttattttattttattttccttttagagctgctatcttcataaaactgagtcatctacagaccacatgatcctcttactactttatattttgttttgttggtt--tagGTTCCTTAAAGTCAATCCTGATGGTAAAGTTCCTGTCATAAAGTTTGATGAGAAGTGGGTTCCTGATTCAGATATTATTACTCAAACATTGGAAGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19878642|gb|AU239473.1|AU239473
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|116480640|gb|EG523232.1|EG523232
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|86076765|gb|DR372522.1|DR372522
EST:     CTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: CTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|125295071|gb|EL309156.1|EL309156
EST:     AATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|125140194|gb|EL178565.1|EL178565
EST:     TTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: TTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|116480635|gb|EG523227.1|EG523227
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|116480636|gb|EG523228.1|EG523228
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|124713340|gb|EH804742.1|EH804742
EST:     TGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTT
genomic: TGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTT
EST: gi|116480645|gb|EG523237.1|EG523237
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|116480622|gb|EG523214.1|EG523214
EST:     GATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|116480638|gb|EG523230.1|EG523230
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|47829198|gb|CK118882.1|CK118882
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|116480643|gb|EG523235.1|EG523235
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
EST: gi|116480631|gb|EG523223.1|EG523223
EST:     AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATG                         GTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA
genomic: AATGTTCCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAACCAGAATGgtgaattctt ... tgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcagtgatttccttagttttttcaatgggttgtgttcttgtttattgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGATGTTATAACACAGGCTTTAGAAGAGAAG
                                     ttgtttattgtttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgaattcttggattctttccataacgtgcctgaagtagacatgattcttgattaatggcagtgatttccttagttttttcaatgggttgtgttcttgtttattgtttattagGTTCTTGAAGATTAGTCCAGAAGGTAAAGTCCCAGTTGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCAGATGTTATAACACAGGCTTTAGAAGAGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA