Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaattaatcttgtgatgattgttttgatgttttagtcaacggttttgtttgtgtaccagattatcttatactgattgcttatgaatgatgatgttataagGTGGTCAACGATTGCGAATCAGTTACCAGGGAGAACAGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCATTTGAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
Basic information
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G10280.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: AT5G10280.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os06g11780.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtaattaatcttgtgatgattgttttgatgttttagtcaacggttttgtttgtgtaccagattatcttatactgattgctta--tgaatgatgatgttataagGTGGTCAACGATTGCGAATCAGTTACCAGGGAGAACAGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCATTTGAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
|| || | | | | | || | | | | | | || | | ||| | ||||||||| | ||||| || || | || || | |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | | |||||| ||||| ||||||| ||
-----------------------------gtaatacctga--acctagctgacatttcataatccccaaagcaagtgttttggctaatctgtgagcaaaccagGTGGTCAGCTATTGCAAAGCATCTCCCTGGACGGACAGATAACGAGATCAAGAACTTCTGGAACACCCACCTCAGGAAGAAACTGATCAAGATGGGCATT
upper sequence: AT5G10280.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G159547_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtaattaatct-tgtgatgattgttttgatgttttagtcaacggttttgtttgtgtaccagattatcttatactgattgcttatga-atgatgatgttataagGTGGTCAACGATTGCGAATCAGTTACCAGGGAGAACAGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCATTTGAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
|| | | | | | | || || | | |||| || || ||| || | | | || | ||| | | || |||||| | || || || || | || ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||| ||
---gctagtttgtttcactctaacttcaataactcgtatttttgacttgtacgtagtgcatgctatgctaatccagtgtcaactgttgtcatggtcaaaccagATGGTCAGCTATCGCAAAGCACCTCCCTGGGCGGACTGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACGCACCTGAAGAAGAAGCTCATCCAGATGGGCTTC
upper sequence: AT5G10280.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv11s0078g00480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaattaatcttgtgatgattgttttgatgttttagtcaac--ggttttgtt------tgtgtaccagattatcttatactgattgcttatgaatgatgatgttataagGTGGTCAACGATTGCGAATCAGTTACCAGGGAGAACAGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCATTTGAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
|||||| || | ||| | | | ||| || | || |||||| | | | | ||| | | || | | | || || | |||||| | ||||| || | || || | || || || || |||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||
gtaattcttcgaacaaaatcaatttctttaatggaatcattttaattctattgaataatgtgtattaattattttcatatt--tctttttctggttttcctattgta-gATGGTCAGCAATTGCTTCCCACCTTCCTGGACGGACCGACAATGAAATCAAGAATTTCCGGAACACCCATCTTAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTC
upper sequence: AT5G10280.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0141g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtaattaatcttgtga---tgattgttttgatg------ttttagtcaacggttttgtt-tgtgtaccagattatcttatactgattgcttatgaatgatgatgttataagGTGGTCAACGATTGCGAATCAGTTACCAGGGAGAACAGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCATTTGAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
|||||| || | |||| ||| ||| ||||| | | || | |||||| | | | | ||| | | || | | | || || | |||||| | ||||| ||| | || || | || || || || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||
gtaattcttcgaacaaaatcaattgctttaatggaagcattttaatt--ctattgaataatgtgtattaattattttcatatt--tctttttctggttttcctattgta-gATGGTCAGCAATTGCTTCTCACCTTCCTGGACGGACCGACAATGAAATCAAGAATTTCTGGAACACCCATCTTAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTC atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tgtttgtgtaccagattatcttatactgattgcttatgaatgatgatgttataagGTGGTCAACGATTGCGAATCAGTTACCAGGGAGAACAGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCATTTGAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
tactgat putative branch site (score: 2)
attatcttata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaattaatcttgtgatgattgttttgatgttttagtcaacggttttgtttgtgtaccagattatcttatactgattgcttatgaatgatgatgttataagGTGGTCAACGATTGCGAATCAGTTACCAGGGAGAACAGATAACGAGATCAAGAATTTCTGGAACACTCATTTGAAGAAGAAGCTGATTCAGATGGGTTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG